El Eternauta presenta una típica estructura de relato enmarcado: en el inicio, un hombre, un “viajero de la eternidad” (p.15), se aparece ante un guionista de historietas y empieza a contarle cómo llegó hasta allí.
Una noche, este hombre, Juan Salvo, jugaba al truco con sus amigos en su casa de Vicente López. Tras un apagón, ven que comienza a caer nieve fosforescente. Comprueban que la nevada es mortal cuando uno de ellos, Polsky, sale a buscar a su familia y fallece. Juan, su esposa, Elena, y sus dos amigos, Favalli y Lucas Herbert, se sienten como Robinson Crusoe, aislados. Bajo la dirección de Favalli, que “como buen hombre de ciencia, sabía concentrarse en lo que realmente importaba” (p.51), confeccionan trajes aislantes y programan salidas para buscar armas y provisiones.
En su primera salida, Juan descubre a Pablo Meno en una ferretería y luego se integra a la comunidad del chalet. Lucas Herbert muere apuñalado por otro sobreviviente, que le roba el traje cuando va con Juan a la farmacia. Se vive un clima hostil entre los humanos, al que Favalli denomina la “ley de la jungla. Matar o morir” (p.59). Durante la última expedición, Favalli, Juan y Franco contemplan unas esferas de fuego cayendo desde el cielo. Esto les da la pauta de que están frente a una invasión extraterrestre.
Pablo conduce a un grupo de soldados hacia el chalet, donde Juan y Favalli son convocados a unírsele. En las filas de la resistencia, Juan conoce a Ruperto Mosca, un historiador, y a Alberto Franco, que se convierte en un gran compañero suyo. La gran valentía de estos hombres refleja la idea del “héroe colectivo”: si bien el protagonista es Juan Salvo, muchas de las acciones y decisiones de la resistencia son llevadas a cabo por otros miembros del grupo.
Junto a Franco, Juan ve por primera vez enemigos en la avenida General Paz. Se trata de escarabajos gigantes, “cascarudos”, que controlan aparatos lanzarrayos. Después de su primer combate, los soldados notan que los cascarudos llevan teledirectores, por lo que concluyen que son una suerte de robots manejados a distancia.
El mayor de la columna, por sugerencia de Favalli, dirige a todos los soldados al estadio del club River Plate. Allí combaten con más cascarudos y una nave espacial intenta atacarlos con un rayo vertical. Después de desactivarla, los soldados pretenden abrirla, pero la nave desaparece. A continuación, la nevada fosforescente se detiene.
Juan cree ver a algunos amigos muertos y a Elena y Martita, su hija, pero al cabo de un tiempo se da cuenta de que él y muchos soldados están teniendo alucinaciones. Identifica un aparato en forma de nube y, al dispararle, todos regresan a la realidad. Franco le dice a Juan que es un buen momento para salir a explorar.
El dúo de sobrevivientes localiza una mesa de control de cascarudos en el pabellón de Barrancas de Belgrano. Cerca de allí ven a un hombre con el mismo aparato que los cascarudos. Un rayo paralizante los alcanza y estos hombres-robots los trasladan al pabellón. En el interior hay un mano, un alienígena con catorce y siete dedos en cada mano.
El mano quiere convertir a Juan y a Franco en robots de orden superior, pero ellos consiguen zafarse y llevarse al extraterrestre secuestrado hasta una casa. Allí, el mano les explica que los Ellos “nos vencieron, y para que por siempre quedáramos domesticados, nos insertaron la glándula del terror” (p.174). Esa glándula segrega un veneno en la sangre de los manos cuando sienten miedo, y como él se ve amenazado en el pabellón, muere a los pocos minutos.
Juan y Franco comparten sus hallazgos con el resto de la resistencia, y el mayor opina que es momento de atacar. Aunque Favalli lo prevé, la columna cae en una trampa: una serie de derrumbes encierra a los hombres en Plaza Italia. Son víctimas, nuevamente, de alucinaciones, que les hacen ver incendios en toda la ciudad. Una vez desactivado el aparato que las generaba, aparece enemigos hasta entonces desconocidos, los gurbos, bestias enormes y poderosas. Franco divisa que también llevan un teledirector, pero cuando lo derriban surge un nuevo rayo. Juan, Franco y Favalli consiguen protegerse entrando al túnel del subterráneo.
Los tres hombres avanzan hasta un derrumbe en el túnel. Un mano monta una mesa de operaciones para aniquilarlos con un gurbo, pero Favalli consigue matarlo. Su estrategia consiste en hacerle sentir miedo para que se active su glándula del terror. Franco, mientras el mano muere, le dice que él no es el verdadero enemigo: solo es un esclavo más al servicio de los Ellos.
Cuando regresan a la calle, una mujer-robot les informa que la base de los Ellos está en la Plaza del Congreso. Desde una azotea cercana llegan a ver la cúpula central. Una bomba intercontinental cae sobre la Plaza, pero rápidamente los invasores retoman sus actividades. Franco puede disparar directamente al domo, y una vez que lo hace, todos los enemigos perecen. Una nave similar a las esferas de fuego despega desde la Tierra, por lo que el trío asume que los Ellos están escapando.
En la calle se reencuentran con Pablo y Mosca. Los cinco viajan hasta el chalet de Vicente López. En el medio del trayecto, cae sobre Buenos Aires una bomba atómica. Al llegar a la casa de la familia Salvo, ven que un gurbo la está destruyendo, y que Elena y Martita están inconscientes. Un mano derriba al gurbo y los sobrevivientes entran al chalet, donde descubren que las dos mujeres están vivas.
El mano que ayudó a los humanos se acerca a la casa, pero antes de que Juan pueda abrirle la puerta vuelve a nevar. La nueva comunidad repite la rutina que realizó al comienzo: fabrican trajes y administran provisiones. En un momento, escuchan ruidos en la parte superior de la casa, pero no encuentran nada más que la radio. Una transmisión de un comité de emergencia informa que la nieve se pudo detener en algunas zonas del mundo. La zona más cercana al chalet de los Salvo está en Pergamino.
Juan, Favalli, Franco, Pablo, Mosca, Elena y Martita viajan hasta Pergamino, y allí pueden quitarse sus trajes. Los recibe un grupo de soldados que les solicitan que dejen sus armas, pero pronto Franco descubre que se trata de hombres-robots. Tratan de escapar sin éxito: las hordas de robots y gurbos los ponen en una situación límite. Favalli propone que los Salvo huyan con el camión mientras él y los demás contienen a los robots. Esta estrategia fracasa: los cuatro hombres son capturados y Juan nunca puede llegar al camión.
Juan, desesperado, se sube a una nave y acciona botones y palancas sin criterio. Siente que su cuerpo se aleja de la nave y pasan por sus ojos imágenes inconexas, hasta que cae en un planeta desconocido. Un mano muy viejo le hace saber que está en el Continum 4, fuera del espacio-tiempo de la Tierra. Él es quien lo nombra “el Eternauta”, ya que a partir de este momento, Juan Salvo tiene la capacidad de viajar en el tiempo.
En el final, regresamos al relato marco, y el Eternauta le afirma al guionista que la invasión sucede en 1963. Como el guionista le dice que en ese momento corre el año 1959, el Eternauta sale corriendo a buscar a su mujer y a su hija. El guionista lo sigue, pero Juan Salvo olvida todo lo que le contó. La historieta termina con el guionista preguntándose: “¿Será posible evitarlo publicando todo lo que el Eternauta me contó?” (p.362).
