La sexualidad es un elemento clave de El obsceno pájaro de la noche, ya que muchos personajes tienen relaciones, y la reproducción es una preocupación central para sus figuras principales. Ahora bien, el sexo siempre aparece relacionado con la violencia y con la falta de consentimiento. Es por ello que las escenas de sexo resultan perturbadoras y contribuyen a crear el efecto inquietante de la obra.
En los primeros capítulos se narra cómo el Mudito trama un plan para disfrazarse del Gigante y así tener sexo con Iris Mateluna. Luego sabemos que otra parte de su plan es dejarla embarazada y, finalmente, hacer que muchos otros hombres también se acuesten con ella, siempre engañada. Esto se debe a que el Mudito tiene el objetivo de que Jerónimo también tenga sexo con la chica para después convencerlo de que él es padre de la criatura. Es preciso destacar que ella es todavía una niña y no entiende lo que ocurre; cree que está con su novio, Romualdo, y que se hacen caricias. Por lo tanto, toda la secuencia narra una serie prolongada de violaciones.
El abuso se reduplica cuando Damiana se hace pasar por muñeca e Iris le da de mamar. Una vez más, la chica no tiene noción de lo que ocurre realmente. Algo similar vuelve a ocurrir al final, cuando el Mudito ocupa el lugar del hijo de Iris. Es sistemáticamente engañada por otros que abusan de ella y usan su cuerpo para producir ese bebé que tanto anhelan. Es importante señalar que, en este caso, son mujeres quienes se aprovechan de la niña: las viejas complotadas se enteran de que está embarazada, pero no se lo cuentan y le inventan juegos para entrenarla y que pueda llevar a cabo el embarazo y el parto.
Por otro lado, la Peta Ponce e Inés también se valen de engaños para tener sexo con Jerónimo y con Humberto, y, envueltos por la brujería, conseguir que la mujer quede embarazada. Ninguno de los hombres es informado de lo que sucederá, sino que la Peta fuerza la situación para cumplir con el designio de producir una nueva generación de Azcoitías. El Mudito sospecha lo que ocurre, pero la brujería es tan fuerte que le genera dolor físico y se entrega al ritual. Desde ese momento, vive constantemente con la sensación de que Peta está al acecho porque quiere volver a acostarse con él. Jerónimo, por su parte, parece no enterarse de nada, ya que no pone nunca en duda su paternidad respecto de Boy.
A su vez, el propio Jerónimo establece una relación sexualmente abusiva con Humberto, porque lo obliga a mirarlo mientras tiene relaciones. De hecho, el patrón solo puede hacerlo si se siente observado por el otro, porque lo desprecia y esto le permite sentirse superior. Esta dinámica comienza justamente cuando Inés está embarazada. Jerónimo cree que si tiene sexo con ella puede afectar al bebé y se la pasa visitando la Casa de Doña Flora, un prostíbulo donde todas las trabajadoras, con cierta ironía, tienen nombre de flor (se llaman Hortensia, Rosa, Amapola). Obliga a Humberto a acompañarlo para que sea testigo de su virilidad.
El desenlace de la historia de Inés nos cuenta que la internan en un manicomio. La Madre Benita toma la decisión de hacerlo porque cree que la mujer ha enloquecido cuando dice que su marido la ha violado sistemáticamente. Dice Inés: "me han violado todas las noches de mi vida porque nunca ha sido ni ternura ni pasión ni amor, Madre Benita, siempre violación, todas las veces, desde la primera noche que nos casamos siempre el asalto, nunca nada compartido, siempre un ser extraño metido conmigo entre las sábanas obligándome a sentir cosas que eran distintas de las cosas que yo quería sentir" (p. 545). La idea de que había un "ser extraño" en su cama también deja abierta la interpretación de que no la violaba Jerónimo sino otro personaje, que podría ser el Mudito o las brujerías de la Peta Ponce.
Por último, la relación entre sexualidad y violencia también se hace presente en el mundo invertido diseñado en la Rinconada. Si bien, en principio, Boy no debería conocer el dolor ni el placer, cuando Emperatriz se hace cargo del lugar y rompe muchas de las reglas establecidas por Jerónimo, comienzan a organizarse grandes orgías. En ese contexto, Boy tiene permiso para abusar de las mujeres a su alrededor. Se explica "que desde muy chico Boy perseguía a todas las mujeres blandiendo su miembro descomunal, y que ellas por orden estricta de Emperatriz, y fuera quien fuera, la Berta, ella misma, Melisa, la telefonista de orejas de ala de murciélago, cualquiera, se dejaba perseguir un poco, para entregarse a lo que Boy quisiera después de los chillidos de rigor, detrás de los matorrales" (p. 476).
Esta larga serie de escenas y secuencias ponen de manifiesto que la relación entre sexualidad y violencia es muy estrecha en El obsceno pájaro de la noche. El sexo, en tanto práctica y dinámica humana oscura, tenebrosa u obscena funciona como uno de los elementos más potentes en la creación de este mundo caótico e inquietante. Esto se debe a que las relaciones sexuales están rodeadas de falta de consentimiento, de engaños y de abusos, lo cual genera una atmósfera sumamente perturbadora.
