Crisóstomo Ibarra, un mestizo, hijo de una mujer filipina y un hombre español, regresa a las Islas Filipinas, más precisamente al pueblo de San Diego, después de haber pasado un tiempo en Europa. Prontamente, descubre que su padre ha muerto en la cárcel tras ser víctima de falsas acusaciones. Además, su cadáver fue desenterrado del cementerio cristiano y arrojado al mar por orden del párroco del pueblo, el fray Dámaso, quien, cuando Ibarra era un niño, era amigo de la familia.
Ibarra ama a una muchacha llamada María Clara. Los padres de ambos arreglaron que, cuando Crisóstomo regresara de Europa, la joven pareja se casaría. Apenas Crisóstomo llega, se reencuentra con ella y ambos confirman sus sentimientos amorosos.
La llegada de Ibarra genera diversas reacciones: por un lado, los representantes de la Iglesia católica temen a las ideas progresistas que el joven puede haber traído de Europa. Por otro lado, aquellos que desean el progreso ven en Ibarra a un líder que los puede conducir al cambio y el progreso social. El primer gran proyecto de Ibarra consiste en construir una escuela en el pueblo de San Diego, lo que ilusiona a estos últimos y hace que los párrocos se sientan amenazados.
Con el paso de los capítulos, la tensión entre Ibarra y los representantes de la iglesia va creciendo. El día en que se inaugura la escuela, un atentado, que se hace pasar por accidente, casi mata a Ibarra. Luego, en un banquete, Ibarra, cansado de las provocaciones del fray Dámaso y las ofensas a su padre muerto, lo golpea brutalmente. Tras este hecho, Ibarra es excomulgado, lo que le vale ser despreciado por gran parte de la sociedad.
Pese a conseguir el perdón de la mano del Capitán General de Filipinas y del arzobispo de Manila, los problemas no desaparecen para Ibarra, quien es acusado de ser parte de un levantamiento revolucionario en contra de la iglesia y el Estado. Esta falsa acusación es parte de un complot en su contra. Ibarra es encarcelado y enviado a Manila junto con otros presuntos rebeldes.
María Clara, por su parte, sufre un chantaje ligado al origen pecaminoso de su nacimiento: su padre no es quien la sociedad cree que es, sino un miembro de la iglesia. Le exigen que rompa el compromiso que tiene con Ibarra o, en caso contrario, la verdad será develada. María Clara cede a dicha exigencia.
Ibarra logra escapar de la prisión de Manila y se fuga del país, aunque se lo da por muerto. María Clara, creyendo que su amado falleció, ingresa en un convento de monjas.
