Crisóstomo Ibarra
Joven mestizo adinerado que acaba de regresar a Filipinas después de siete años de estudiar en Europa. Idealista. Todos los sacerdotes de San Diego lo ven con gran cautela debido a su educación liberal, mientras que los liberales lo ven como un posible líder. Su padre, el igualmente idealista Don Rafael, fue etiquetado como subversivo y hereje por el sacerdocio.
María Clara
Mujer joven de alta posición social. Se cree que es hija del Capitán Tiago y ahijada del Padre Dámaso, aunque al final se descubrirá que, en realidad, es hija biológica del padre Dámaso, producto de una escandalosa relación entre el anciano cura y la esposa del Capitán Tiago. Es bella, culta, dulce y sumamente sensible. Prometida de Crisóstomo Ibarra.
Fray Dámaso
Sacerdote español. Anciano, hambriento de poder y descaradamente corrupto. Ha vivido entre los nativos filipinos durante casi dos décadas. Profundamente racista, mezquino y vengativo. Se lo conoce como padrino de María Clara, aunque, en realidad, es su padre.
Elías
Un personaje misterioso. Elías es un hombre prófugo de la ley que está resentido tanto con el gobierno colonial español como con la Iglesia católica por diversas injusticias que han sufrido él, su familia y el pueblo filipino en general. Forma parte de un grupo que vive en la clandestinidad y pretende la independencia filipina.
Padre Salvi
Sacerdote español. Más joven y astuto que fray Dámaso. De hecho, es quien lo reemplaza como fraile de San Diego. En muchos aspectos, es más peligroso que su precursor, ya que es un estratega más talentoso que usa su rol religioso para influir políticamente. Con frecuencia pelea con el alférez de la ciudad por el dominio del poder. Está enamorado de María Clara y la hostiga constantemente.
Capitán Tiago
Filipino de clase alta. Mantiene estrechos vínculos con miembros de alto rango de la Iglesia Católica. Débil de carácter, supersticioso y racista, desprecia a los nativos, pese a ser él mismo un nativo. Su principal preocupación es casar a su hija, María Clara, con un hombre acomodado de una familia influyente.
El alférez
Jefe de la Guardia Civil del municipio de San Diego. En ningún momento de la novela se dice su nombre. De ascendencia española, mantiene una disputa constante con el padre Salvi para ganar poder en la ciudad. Bebe en exceso y está casado con Doña Consolación, con quien pelea frecuentemente.
Doña Consolación
Esposa del alférez. Mujer filipina que se avergüenza de serlo e incluso finge no poder hablar tagalo, su propio idioma. Pelea con su esposo con frecuencia. Orgullosa. El narrador destaca constantemente su fealdad.
Don Rafael Ibarra
El padre de Crisóstomo Ibarra ya está muerto en el comienzo de la acción de la novela. Es descrito por el narrador y aquellos que lo conocieron como un liberal que criticaba con severidad las prácticas corruptas de los frailes españoles. Esto le valió ser condenado a prisión, en donde terminó sus días.
Crispín
Niño humilde que trabaja de sacristán junto a su hermano Basilio para ayudar a su madre, Sisa. Crispín es acusado de robar dinero de las arcas de la iglesia. Desaparece misteriosamente, aunque se presume que fue asesinado por la Guardia Civil.
Basilio
Hermano mayor de Crispín. Al igual que su hermano menor, trabaja como sacristán. A diferencia de Crispín, logra escaparse de la Guardia Civil. Se esconde y vive con una amable familia hasta la víspera de Navidad. Cuando vuelve al pueblo, encuentra a Sisa, su madre, enloquecida.
Doctor Tiburcio de Espadaña
Estafador que se hace pasar por doctor a pesar de no tener experiencia médica. Es rengo, torpe y falto de carácter. Su mujer, Victorina de los Reyes de Espadaña, lo maltrata y lo insta a que siga ejerciendo como médico para así mantener el estatus social.
Victorina de los Reyes de Espadaña
Filipina advenediza que solo quiere ser respetada y considerada una gran mujer. Esposa del médico falso, Tiburcio de Espadaña. Intenta ansiosamente casar a su sobrino con María Clara, probablemente como un medio para mejorar aún más su estatus social. Es descrita numerosas veces como una mujer muy fea. Maltrata a su marido constantemente.
Teniente Guevara
Hombre moralmente íntegro de ascendencia española que tiene en alta estima tanto a Crisóstomo Ibarra como al difunto don Rafael. Teniente de la Guardia Civil. Es uno de los pocos que apoya abiertamente a los Ibarra y expresa su disgusto por el control del padre Dámaso.
Linares
Sobrino del doctor Espadaña. Joven "abogado" español. Al igual que su tío, ha falsificado su credencial y en realidad no tiene ningún estudio. Espera ascender en la sociedad casándose con María Clara.
El maestro de escuela
Humilde maestro de escuela que don Rafael albergó en su casa, permitiéndole así atender adecuadamente la tarea de instruir a los alumnos. Informa a Crisóstomo Ibarra del lamentable estado de la educación de San Diego desde el fallecimiento de su padre. No tiene esperanzas de que exista un verdadero avance en la educación, dado que esta está controlada por el clero.
Filipo Lino
Representante de la generación más joven de personas influyentes de San Diego. Se desempeña como teniente mayor o vicealcalde de la ciudad. Desprecia la idea de gastar generosas cantidades de dinero en los numerosos días festivos que marcan el calendario religioso, viéndolo como un derroche y una carga para los ciudadanos. Sus palabras, sin embargo, caen en oídos sordos, ya que él es solo teniente de alcalde, y el propio alcalde es un seguidor dedicado de la iglesia católica y el portavoz de facto de los frailes.
El alcalde
Hombre sin carácter que ejerce sus funciones gubernamentales obedeciendo a las órdenes que recibe del clero.
Sisa
La sufrida madre de Crispin y Basilio. Se vuelve loca por la pérdida de sus hijos. Grita y canta por la ciudad, con la ropa hecha jirones.
Padre Sibila
Sacerdote que sirve en el distrito de Binondo en la ciudad de Manila. Su personaje contrasta con el del corrupto fray Dámaso y el perverso padre Salvi. Es racional y tranquilo. Es el único cura presentado como alguien que respeta una verdadera vocación.
Tasio
Anciano sabio que estudió filosofía. Cuestiona tanto al gobierno como al clero. La mayoría de la comunidad lo considera un loco. Respeta a Ibarra y le da valiosos consejos.
