Crisóstomo Ibarra. Es el personaje principal, alrededor del cual gira gran parte de la historia. Se trata de un joven acomodado que regresa a su patria con la idea de contribuir al progreso y al desarrollo de Filipinas. En bastantes aspectos es un trasunto del propio Rizal (ambos han viajado por Europa, han dejado a sus prometidas en un convento esperándolos y mantienen una actitud crítica con la preponderancia que las órdenes religiosas ostentan en la vida social y política del archipiélago). En política ambos son (al menos en esos momentos) partidarios de mantener los lazos con la metrópoli, aunque exigen de esta una mayor comprensión hacia la autonomía y progresiva independencia de Filipinas. El fracaso de Ibarra en todas las empresas que se propone y las ideas que, consiguientemente, expresa la final del libro hacen presagiar un escepticismo del autor sobre la disposición y capacidad de la metrópoli para abordar las profundas transformaciones que serían necesarias para que continuara una relación pacífica entre España y las Filipinas; relación que tendría que basarse, en cualquier caso, más en la autonomía del archipiélago que en la subordinación colonial existente hasta entonces.
Tres comentarios de Ibarra a lo largo de la novela nos muestran la progresiva evolución y radicalización del personaje. El primero está tomado de su inicial encuentro con el loco filósofo Tasio, al poco tiempo de su llegada a Filipinas. A las dudas de este sobre la bondad de España hacia Filipinas y a la dificultad de conjugar el amor a ambas partes, Ibarra le responde: Filipinas es religiosa y ama a España; Filipinas sabe cuánto hace por ella la nación. Hay abusos, sí, hay defectos, no lo he de negar, pero España trabaja para introducir reformas que los corrijan, madura proyectos, no es egoísta (pág. 260). Y por eso se pregunta, retóricamente: ¿Es acaso incompatible el amor a mi país con el amor a España? Amo a mi patria, a Filipinas, porque a ella le debo mi vida y mi felicidad y porque todo hombre debe amar su patria; amo a España, la patria de mis mayores, porque, a pesar de todo, Filipinas le debe y le deberá su felicidad y su porvenir (pág. 261). Tiempo después, conversando con el capitán general de Filipinas´, que le había apoyado en la construcción de la escuela, le confiesa: Señor, mi mayor deseo es la felicidad de mi país, felicidad que quisiera se debiese a la Madre Patria y al esfuerzo de mis conciudadanos, unidos una y otros con eternos lazos de comunes miras y comunes intereses. Lo que pido, sólo puede darlo el gobierno después de muchos años de trabajo continuo y reformas acertadas (pág. 363). Pero al final de la novela, en conversación con Elías, que lo ha sacado de la cárcel y con quien ha discutido sobre el futuro de Filipinas en bastantes ocasiones, sus ideas muestran una profunda decepción y la necesidad de una nueva actitud, al menos, pre-revolucionaria: Nosotros, durante tres siglos, les tendemos la mano, les pedimos amor, ansiamos llamarlos hermanos ¿Cómo nos contestan? Con el insulto y la burla, negándonos hasta la cualidad de seres humanos ¡No hay Dios, no hay esperanza, no hay humanidad; no hay más que el derecho a la fuerza! (pág. 555). En este sentido, la significación final de la novela queda abierta, como se comprobará a lo largo de la siguiente novela, a la que el autor se referirá como "segunda parte" de esta.
María Clara. Es el contrapunto romántico, sentimental y un tanto folletinesco de la novela. Criatura pura e idealizada, se tiene que enfrentar a fuerzas contrarias: el amor por Ibarra, la religiosidad ingenua y primitiva, la devoción por sus progenitores. Su renuncia final a Ibarra y su posterior ingreso en un convento evidencian la imposibilidad de un amor que se oponga a las conveniencias sociales y religiosas de una sociedad maniatada por el oscurantismo y los prejuicios.
Alrededor de estos dos personajes pululan otros más, que se pueden agrupar de la siguiente manera:
Los frailes (especialmente franciscanos y dominicos). Son los "malos" absolutos de la novela. Aunque hay dos que destacan sobre los demás, fray Dámaso y el padre Salví, en general todos se nos aparecen como racistas y enemigos de los indios, vanidosos, glotones, oscurantistas, tiranos y poco cumplidores de sus votos (especialmente los de pobreza y castidad). Amenazan a los indígenas con todas las penas del infierno en su exclusivo provecho y practican una religiosidad que nada tiene de evangélica. Disfrutan de un poder absoluto y hasta las autoridades civiles los temen. Tasio, el filósofo, se lo explica así a Ibarra: Todos sus esfuerzos de usted se estrellarían contra las paredes de la casa parroquial con sólo agitar el fraile su cordón o sacudir el hábito: el alcalde, por cualquier pretexto, os negaría mañana lo que hoy ha concedido, ninguna madre dejaría que sus hijos frecuentasen la escuela (pág. 258). Rizal solo salva a los jesuitas (con los que había estudiado en Manila) y eso con no poca ironía: en una conversación entre Tasio y don Filipo, el primero le dice al segundo: Nosotros, en Filipinas, vamos lo menos tres siglos detrás del carro; apenas empezamos a salir de la Edad Media; por eso los jesuitas, que son retroceso en Europa, desde aquí representan el progreso (pág. 489).
Los ilustrados o partidarios de una evolución en Filipinas. Sirven de apoyo en sus numerosas y extensas discusiones con Ibarra para que Rizal nos vaya matizando sus ideas sobre la educación, la religión y las relaciones de Filipinas con España. Son, especialmente, el maestro, el teniente don Filipo, el excéntrico filósofo Tasio y, sobre todos, el misterioso y simbólico Elías, frecuente antagonista de Ibarra y, a la postre, su salvador de la cárcel.
Los perseguidos y pobres, víctimas inocentes de la crueldad y la indiferencia de los poderosos. Sisa y sus hijos Basilio y Crispín, el propio Elías y la enigmática Salomé, todos ellos, al igual que los huidos en las montañas y en las cuevas, forman una cohorte de desposeídos sobre los cuales el mal cae irremediable y a los que Rizal compadece y humaniza.
Los ricos y los presuntuosos, filipinos y españoles, frívolos, indiferentes al dolor y a la injusticia que causan a los demás, de una religiosidad supersticiosa, grotescos y materialistas y sobre los que Rizal dispara toda su acritud. Son el capitán Thiago, el alférez y su concubina, el matrimonio Espadaña y su pariente Linares, las devotas de la iglesia y un largo etcétera ridículo y esperpéntico.
