La novela desempeñó un papel significativo en la consolidación del nacionalismo filipino; aunque Rizal abogó por medios pacíficos para obtener la representación directa en las Cortes Generales, los autores de la revolución aprovecharon sus ideas. La novela fue escrita en español, la lengua culta en aquella época.
Rizal comenzó su novela en Madrid; a mitad de la redacción se trasladó a París, para después terminarla en Berlín. Vicente Blasco Ibáñez, el conocido escritor, ofreció voluntariamente sus servicios para corregirlo.
En una carta a su amigo, el pintor filipino residente en Madrid, Félix Resurrección Hidalgo Rizal explica el porqué del título del libro:
El libro contiene cosas de las que nadie entre nosotros ha hablado hasta el presente; son tan delicadas que no pueden ser tocadas por ninguna persona. En lo que a mí toca, he intentado hacer lo que nadie ha querido. Yo he querido responder a las calumnias que por tantos siglos han sido amontonadas sobre nosotros y nuestro país.
La novela creó tanta controversia que solo algunos días después de su primer regreso a Filipinas (1887), el gobernador general Emilio Terrero y Perinat lo recibió en el Palacio de Malacañán para informarle de que su novela era considerada subversiva; pese a que Rizal logró aplacar al gobernador, masón practicante, anticlerical y de ideas liberales (combinación de ideas de origen francófono y desarrollo anglosajón), este le avisó que no podría resistir la presión de la Iglesia católica contra el libro: había recibido un dictamen de la Universidad de Santo Tomás de Manila en el que se calificaba la novela de "herética, impía y escandalosa en el orden religioso, y antipatriótica, subversiva del orden público, injuriosa al gobierno de España y a su proceder en estas islas en el orden político"; y avisaba que si circulara libremente por el archipiélago "causaría gravísimos daños a la fe y a la moral, amortiguaría o extinguiría el amor de esos indígenas a España y, perturbando el corazón y las pasiones de los habitantes de este país, podría ocasionar días más tristes para la Madre Patria". La persecución de las órdenes religiosas se puede discernir en la correspondencia de Rizal con su amigo Fernando Blumentritt, de Leitmeritz:
Mi libro hizo mucho ruido, por todas partes me preguntan acerca de él. Quisieron excomulgarme debido a él... Soy considerado alemán, espía, un agente de Bismarck, dicen que soy un protestante, masón, hechicero, un alma maldita. Se susurra que deseo montar planes, que tengo un pasaporte extranjero y que vago a través de las calles por la noche...
Esta novela y su continuación, El filibusterismo (1891), fueron, pues, prohibidas en las Filipinas por la imagen que daban de la corrupción y el abuso del gobierno español y el clero del país. Un personaje que se ha convertido en un estereotipo en Filipinas es el Padre Dámaso, un sacerdote español que no respeta su voto de castidad. Por este, al niño de padre desconocido, sobre todo si es mestizo, se le llama despectivamente Anak ni Padre Dámaso, "hijo del Padre Dámaso".
Sin embargo, algunos ejemplares del libro circularon de contrabando, y cuando Rizal volvió a las Filipinas después de terminar sus estudios de medicina, fue deportado a Dapitan, en la isla de Mindanao; más adelante fue encarcelado por "incitar a la rebelión" a través de sus escritos. En 1896, a la edad de 35 años, fue ejecutado en Manila.
