El 70 % de la acción de la novela transcurre en la ciudad de Abancay, en quechua Awancay. Otros escenarios son mencionados en los dos primeros capítulos de la novela: el Cuzco y diversas ciudades costeñas y serranas del sur y centro del Perú, lugares que Ernesto, el protagonista, recorre acompañando a su padre antes de instalarse en Abancay.
Abancay es un pueblo con pequeños barrios separados por huertas de moreras, y con campos de cañaverales que se extienden hasta el río Pachachaca. Lo rodea la hacienda Patibamba, cuyo patrón no la vendía y por ello la ciudad no podía expandirse. Un árbol característico de Abancay es el nativo pisonay, que en primavera se llena de flores grandes y rojas.
Lugares importantes de Abancay donde se desarrolla la novela son el Colegio religioso o internado, con su enorme patio polvoriento; el barrio de Huanupata, tugurio maloliente poblado de chicherías, donde también se podían encontrar mujeres fáciles; la Plaza de Armas; la Avenida Condebamba, que es una amplia alameda sembrada de moreras. Ya en las afueras se alza el puente del Pachachaca, símbolo de la conquista española, sostenido por bases de cal y canto y que pese a sus siglos de vida aún se mantiene firme y aguanta las embestidas del río que pasa bajo su arco, el Pachachaca.
El río es precisamente un elemento vital en el mundo mágico-religioso de la cultura andina y por eso es el que da el nombre a la obra, pero con el agregado de «profundo», constituyendo así en una metáfora de la cosmovisión andina que no se queda en el aspecto exterior, sino que se adentra más en su interior, a su esencia más profunda.[6]
