Durante un período de guerra, un avión que lleva un grupo de niños ingleses es derribado por tiros mientras vuela por el Océano Pacífico. El piloto del avión muere, pero muchos de los niños sobreviven el accidente y se encuentran varados en una isla desierta donde están solos sin supervisión adulta. Los primeros dos niños que aparecen en la historia son los protagonistas: Ralph es uno de los niños mayores, guapo y seguro de sí mismo, mientras que Piggy, como es burlonamente llamado, es un niño rechoncho, asmático, con espejuelos que, sin embargo, posee una gran inteligencia. Ralph encuentra una concha, y cuando la sopla todos los niños se reúnen. Entre estos niños se encuentra Jack Merridew, un chico agresivo que marcha a la cabeza del coro. Ralph, al cual los otros niños escogen como su líder, dirige a Jack y a otro niño, Simón, en una expedición para explorar la isla. Durante esta expedición ellos determinan que están en una isla desierta y deciden que necesitan encontrar alimento. Los tres niños encuentran un cerdo, el cual Jack prepara para matar, pero finalmente se arrepiente antes de poder apuñalarlo.
Cuando los niños regresan de su expedición, Ralph convoca una reunión e intenta establecer reglas para mantener el orden en la isla. Jack está de acuerdo con Ralph, ya que la existencia de reglas requiere la existencia de castigos para aquellos que las rompan, pero Piggy regaña a Jack por su falta de preocupación por su supervivencia a largo plazo. Ralph propone que enciendan un fuego en la montaña con el cual puedan señalar su presencia a algún barco que pase. Los niños comienzan a encender el fuego, pero los más pequeños pierden interés cuando la tarea prueba ser demasiado difícil para ellos. Piggy es esencial para el proceso: el joven utiliza sus espejuelos para comenzar el fuego. Luego, Piggy pierde su paciencia y critica a los otros niños por no construir albergues primero. Le preocupa que todavía no saben cuántos niños hay, y cree que uno de ellos ya se perdió.
Mientras Jack intenta cazar cerdos, Ralph organiza la construcción de albergues para los niños. Los más pequeños no han ayudado, mientras que los del coro de Jack, cuyo deber es cazar para proveer alimento, han pasado el día nadando. Jack le dice a Ralph que siente que está siendo cazado cuando caza los cerdos. Cuando Simón, el único niño que ha ayudado consistentemente a Ralph, se va a supuestamente darse un baño, Ralph y Jack van a buscarlo a la piscina de baño, pero Simón en realidad está caminando por la jungla solo. Él encuentra un espacio abierto sereno con arbustos aromáticos y flores.
Los niños pronto establecen una rutina diaria en la isla. Los más jóvenes, llamados “pequeñines” (“littluns,” contracción de “little ones”), pasan la mayor parte del día buscando frutas para comer. Cuando los niños juegan, continúan obedeciendo cierto sentido de decencia, a pesar de la falta de autoridad parental. Jack continúa cazando, mientras Piggy, quien es aceptado como un extranjero entre los niños, considera construir un reloj solar. Un barco pasa por la isla pero no se detiene, tal vez porque el fuego se ha apagado. Piggy culpa a Jack por dejar que se apagara el fuego, ya que él y sus cazadores habían estado más preocupados por matar a un cerdo por su deber. Jack golpea a Piggy, rompiendo uno de los lentes de sus espejuelos. Jack y los cazadores cantan, “Mata el cerdo. Córtale el cuello. Rómpele el cráneo,” para celebrar la caza, y hacen un baile en el cual Maurice pretende ser un cerdo mientras los otros pretenden atacarlo.
Ralph comienza a preocuparse por el comportamiento de Jack y los cazadores y comienza a apreciar la madurez de Piggy. Él convoca una asamblea durante la cual critica a los chicos por no ayudar con el fuego o la construcción. Él insiste que el fuego es lo más importante en la isla, ya que es su única oportunidad de rescate, y declara que el único lugar donde deben tener un fuego es en la cima de la montaña. Ralph admite que tiene miedo pero dice que no hay una razón legítima para ello. Jack luego le grita a los pequeñines por su miedo y por no ayudar a cazar o construir. Él proclama que no hay una bestia en la isla, como creen algunos niños, pero entonces un pequeñín, Phil, cuenta que tuvo una pesadilla y cuando se despertó vio algo moviéndose entre los árboles. Simón dice que Phil probablemente lo vio a él, ya que estaba caminando por la jungla esa noche. Piggy y Ralph pelean una vez más, y cuando Ralph intenta afirmar las reglas, Jack pregunta retóricamente si a alguien le importan las reglas. Ralph insiste que las reglas son lo único que tienen. Jack, entonces, decide conducir una expedición para cazar la bestia, dejando solo a Ralph, Piggy y Simon atrás. Piggy le advierte a Ralph que si Jack se convierte en el líder, nunca serán rescatados.
Esa noche, durante una batalla aérea, un piloto cae en la isla en paracaídas. El piloto muere, posiblemente por el impacto. La próxima mañana, mientras los gemelos, Sam y Eric, añaden madera al fuego, ellos ven al piloto y lo confunden con la bestia. Ellos corren bajo la montaña y despiertan a Ralph. Jack convoca una caza, pero Piggy insiste que se deben mantener juntos, ya que puede ser que la bestia no se les acerque. Jack declara que la concha ahora es irrelevante. Le da un puño a Ralph cuando Ralph acusa a Jack de no querer ser rescatado. Ralph decide unirse a los cazadores en su expedición para encontrar la bestia, a pesar de su deseo de reavivar el fuego en la montaña. Cuando llegan al otro lado de la isla, Jack dice que construir una fortaleza cerca del mar.
Los cazadores, mientras buscan la bestia, encuentran un jabalí que ataca a Jack, pero Jack lo apuñala y el jabalí sale corriendo. Los cazadores entran en un frenesí, el cual se degenera en su canto de “mata el cerdo” una vez más. Ralph se da cuenta de que Piggy todavía está con los pequeñines al otro lado de la isla, y Simón ofrece regresar y decirle a Piggy que los otros niños no regresarán esa noche. Ralph se da cuenta de que Jack lo odia, y lo confronta acerca de esto. Jack se burla de Ralph por no querer cazar, sosteniendo que es por cobardía, pero cuando los niños ven algo que creen que es la bestia, salen corriendo.
Ralph regresa a los albergues y, cuando encuentra a Piggy, le dice que vieron a la bestia, pero Piggy continúa siendo escéptico. Ralph desestima a los cazadores como niños con palos, pero Jack lo acusa de llamar a sus cazadores cobardes. Jack intenta afirmar su control sobre los otros niños, pidiendo la destitución de Ralph como líder, pero cuando Ralph mantiene el apoyo de los otros niños Jack se va corriendo, llorando. Piggy sugiere que, si la bestia no les permite llegar a la cima de la montaña, deben encender un fuego en la playa, y les asegura que sobrevivirán si se comportan de acuerdo a su sentido común. Simón se va a sentarse en el claro que había encontrado antes. Jack declara que él será el líder de los cazadores, y que irán al Peñón del Castillo donde piensan construir una fortaleza y tener un banquete. Los cazadores matan a un cerdo, y Jack restriega su sangre en la cara de Maurice. Entonces le cortan la cabeza y la dejan en un palo como ofrenda para la bestia. Jack trae varios cazadores de vuelta a los albergues, donde invita a los otros chicos a unirse a su tribu, y les ofrece carne y la oportunidad de cazar y divertirse. Todos los chicos, excepto Ralph y Piggy, se unen a Jack.
Mientras tanto, Simón encuentra la cabeza de cerdo que los cazadores habían dejado. La llama el Señor de las Moscas debido a los insectos que la rodean. Cree que le habla, diciéndole lo ridículo que es y que los otros chicos piensan que está loco. La cabeza de cerdo sostiene que es la bestia, y se burla de la idea de que la bestia pueda ser cazada y matada. Simon se cae y se desmaya. Cuando despierta y camina un poco, ve el piloto muerto que los chicos creían que era la bestia y se da cuenta de lo que es en realidad. Baja la montaña rápidamente para alertar a los otros chicos sobre lo que ha encontrado.
Ralph y Piggy, los cuales están jugando en la laguna solos, deciden encontrar a los otros chicos para asegurarse que nada malo les suceda mientras pretenden ser cazadores. Cuando encuentran a Jack, Ralph y Jack discuten sobre quién será el líder. Cuando Piggy declara que Jack tiene derecho a hablar porque él tiene la concha, Jack le dice que la concha no cuenta en su lado de la isla. Los niños entran en pánico cuando Ralph advierte que viene un a tormenta. Cuando comienza la tormenta, Simón sale corriendo del bosque, hablando del cuerpo muerto en la montaña. Bajo la impresión de que él es la bestia, los niños atacan a Simón y lo matan.
Al otro lado de la isla, Ralph y Piggy discuten la muerte de Simón. Ambos participaron en el asesinato, pero intentan justificar su comportamiento diciendo que fue motivado por miedo e instinto. Los únicos cuatro chicos que no son parte de la tribu de Jack son Ralph, Piggy y los gemelos, Sam y Eric, los cuales ayudan a mantener el fuego. En el Peñón del Castillo, Jack reina sobre los chicos como un ídolo. Mantiene a uno de los chicos amarrado, e inspira miedo en los demás advirtiéndolos de la bestia y los intrusos. Cuando Bill le pregunta a Jack cómo encenderán el fuego, Jack declara que robarán el fuego de los otros niños. Mientras tanto, Ralph, Piggy y los gemelos intentan mantener el fuego vivo pero encuentran que es muy difícil hacerlo ellos solos. Regresan a los albergues para dormir. Durante la noche, los cazadores atacan a los cuatro niños, los cuales logran ganar la batalla, pero sufren lesiones considerables. Piggy descubre el propósito de su ataque: vinieron a robarle sus espejuelos.
Luego del ataque, los cuatro niños deciden ir al Peñón del Castillo para hablar con Jack como personas civilizadas. Se acicalan para aparecer presentables y se visten con sus ropas de la escuela. Cuando llegan al Peñón del Castillo, Ralph convoca a los otros chicos con la concha. Jack regresa de cazar y le dice a Ralph y a Piggy que los dejen quietos. Cuando Jack se niega a escuchar las apelaciones de Ralph a la justicia, Ralph llama a los niños tontos pintados. Jack toma a Sam y a Eric como prisioneros y ordena que los amarren. Piggy le pregunta a Jack y a sus cazadores si es mejor ser una manada de Indios pintados o ser sensatos como Ralph, pero Roger deja caer una piedra sobre Piggy, causando que se caiga de la montaña a la playa. El impacto lo mata y, al deleite de Jack, rompe la concha. Jack se declara el jefe y tira su lanza hacia Ralph, el cual sale huyendo.
Ralph se esconde cerca del Peñón del Castillo, donde puede ver a los otros chicos, a los cuales ya no reconoce como niños ingleses civilizados, sino como salvajes. Gatea hasta la entrada del campamento de Jack, donde Sam y Eric ahora sirven de guardias, y ellos le dan un poco de carne y le imploran que se vaya. Cuando Ralph se esconde, se da cuenta de que los otros niños están rodando piedras bajo la montaña. Ralph evita a los otros niños que lo están cazando, y se da cuenta de que están encendiendo el bosque en fuego para obligarlo a salir—y que, por lo tanto, destruirán todas las frutas que quedan en la isla.
Corriendo por su vida, Ralph finalmente colapsa en la playa, donde un oficial de la Marina ha llegado en su barco. Él cree que los niños sólo han estado jugando, y los regaña por no comportarse de una forma más organizada y responsable, cómo es común entre los ingleses. Mientras los niños se preparan para irse de la isla para sus hogares, Ralph llora por la muerte de Piggy y por el fin de la inocencia de los niños.
