Julián Álvarez, joven y apocado sacerdote, se dirige a los Pazos de Ulloa para servir a Pedro Moscoso (a quien todos llaman marqués) como administrador, por recomendación del tío del noble. Nada más llegar a los Pazos, situados en una zona rural de Galicia, el sacerdote se escandaliza por el decadente estado del palacio y el comportamiento de Pedro y sus empleados: el palacio está en un estado ruinoso, la biblioteca y las cuentas abandonadas, la capilla desatendida por el actual abad, Pedro, quien en realidad no es marqués puesto que el título fue vendido, es ignorante y rústico aunque se da aires de gran señor. Pasa la mayor parte del tiempo de cacería rodeado de personajes de mala reputación. El mayordomo de la finca, Primitivo, un aldeano astuto y violento, controla todos los negocios del marqués y tiene atemorizados a los demás empleados e incluso al propio marqués. Su hija Sabel trabaja como cocinera en los Pazos y es la amante de Pedro, con quien tiene un hijo ilegítimo de unos cinco años llamado Perucho. Perucho se cría desatendido y casi salvaje en los Pazos. Sabel coquetea abiertamente con Julián y recibe a una cohorte de aldeanas en la cocina, aprovisionándolas de la despensa del marqués. En el pueblo cercano, Cebre, los caciques liberal y conservador se disputan el control de la comarca.
Julián decide marcharse de los Pazos sintiendo que su honra de sacerdote está siendo puesta en duda si sigue consintiendo el amancebamiento de Pedro y Sabel. Cuando se dispone a despedirse del Marqués, presencia una violenta escena de celos entre el marqués y Sabel, quien ha estado bailando con un gaitero en Cebre.
Julián aconseja a Pedro que cambie de comportamiento y de sociedad, pero Pedro le confiesa sus temores acerca de Primitivo y que, aunque desea despedir a Sabel, teme las represalias del padre de ésta. Julián le convence de que se marche con él a Santiago de Compostela y busque esposa entre sus primas casaderas. Pedro acepta entusiasmado. De camino a la estación, Primitivo se dispone a disparar sobre Julián, pero el marqués adivina las intenciones de su mayordomo y lo para a tiempo.
Los dos tomos, unidos en uno, forman el volumen III de las obras completas (PDF).En Santiago de Compostela, Pedro es recibido en casa de su tío Manuel Pardo de la Lage, quien también es un noble arruinado que guarda las apariencias. Manuel recibe con agrado la visita del sobrino intuyendo sus intenciones de elegir esposa entre sus hijas. Las señoritas de la Lage son cuatro: Rita, la más bella y alegre; Manolita a quien su padre pretende casar con un rico de Santiago; Marcelina (Nucha), la más discreta, y Carmen, la más joven, enamorada de un estudiante de medicina para disgusto de su padre. Aunque inicialmente Pedro se siente atraído por Rita, decide pedir la mano de Nucha después de que Julián le confiese que si él mismo tuviese que elegir entre las señoritas de la Lage, se decantaría por ella debido a su buen carácter y piadosas maneras. También le menciona que la madrina de Nucha es una rica anciana sin herederos.
Nucha y Pedro se casan en Santiago de Compostela, y después de una temporada, Pedro, cansado de las discusiones con su suegro acerca de política, y de no ser el señor de la casa, decide volver a los Pazos. Pedro envía a Julián primero para despedir a Primitivo y a Sabel antes de la llegada de los nuevos esposos. Julián se encuentra el comportamiento de Sabel y Primitivo completamente cambiado. Ambos son amables y dóciles. Primitivo le cuenta al sacerdote que Sabel va a casarse con el gaitero de Cebre y dejar su empleo. Julián no encuentra valor para despedir a Primitivo y se excusa a sí mismo pensando que sólo es necesario esperar un poco a que Sabel se case.
Cuando los esposos llegan a los Pazos, Nucha le confiesa a su esposo que está embarazada. Pedro se ilusiona ante la perspectiva de tener un hijo varón con Nucha. Los nuevos esposos frecuentan la limitada sociedad de las aldeas vecinas a los Pazos, como los señores de Limioso, todos arruinados nobles con más presunción que fortuna.
El tiempo pasa y Sabel no se casa con el gaitero. Sabel continúa siendo la cocinera de los Pazos y Primitivo el mayordomo por dejadez de Pedro y Julián.
La salud de Nucha se deteriora durante el embarazo. Tras un parto difícil, da a luz a una niña. Pedro se muestra disgustado por el sexo del bebé y se distancia poco a poco de su esposa, reiniciando su relación con Sabel. Julián, sin embargo, centra su devoción en Nucha y su niña. Perucho disfruta mucho jugando con el bebé hasta que un día Nucha, al comentar que los niños se quieren como hermanos, se da cuenta de que Perucho es hijo de su marido por la cara turbada de Julián. Nucha prohíbe a Perucho acercarse a ella o a su hija. A partir de entonces la relación de Nucha con su marido se deteriora. Julián advierte signos de maltrato físico en Nucha. Sabel y Primitivo vuelven a tomar el control de los Pazos y Nucha vive atemorizada por ellos.
En Cebre, los simpatizantes del partido conservador proponen a Pedro como candidato a diputado en Madrid por la región. Aunque es el candidato favorito, pierde las elecciones de manera flagrante. El cacique conservador se entera de que el propio Primitivo ha amenazado a los votantes para que voten al candidato liberal, y envía a un sicario a matar a Primitivo.
Nucha le pide a Julián que la ayude a escaparse con su hija a Santiago a casa de su padre, ya que teme por la vida de su hija si ella muere, puesto que Manolita es la única heredera de Pedro aparte del bastardo Perucho. Perucho avisa a su abuelo Primitivo de que la Señora está hablando a solas con Julián. Primitivo le promete dinero a su nieto si va a contarle al marqués que su mujer se está entrevistando a solas con el cura con la intención de que este crea que mantienen una relación secreta. Perucho así lo hace. Pedro, piensa que el cura tiene una relación ilegítima con su mujer y se dirige furioso a la iglesia. En el camino, se encuentra el cuerpo sin vida de Primitivo, abatido de un tiro por el sicario de Barbacana. Pedro encuentra a su mujer hablando con el cura en la sacristía y da por hecho que su mujer le engaña con el sacerdote. Pedro despide a Julián en el momento.
El cura retorna a Santiago y es destinado a una aldea rural en Galicia, donde unos años después recibe noticias de la muerte de Nucha. Diez años más tarde Julián recibe órdenes de volver a los Pazos de nuevo. Nada más llegar visita la tumba de Nucha. Cuando está rezando en el cementerio aparecen Perucho y Manolita. El cura se asombra al observar que Perucho va bien vestido mientras que Manolita va casi descalza.
Así termina la novela, que continúa en la segunda parte La madre naturaleza.
