La novela Harry Potter y la piedra filosofal, junto con toda la serie, ha sido víctima de controversias provocadas por diferentes grupos religiosos bajo las acusaciones de que contiene textos satánicos y promueve la brujería. Nancy Flanagan Knapp, buscando aquellos elementos que podrían ser interpretados como una apología de la brujería, concluyó que si bien las clases de Pociones impartidas por Severus Snape podrían ser tomadas como ejemplo para sustentar las mencionadas acusaciones, éstas más bien se asemejaban a una simple clase de química antes que a rituales esotéricos.[54] La serie estuvo en los puestos superiores de la lista «Libros más cuestionados» de la American Library Association durante el período que va de 1999 a 2001.[55] Además, gente de Nuevo México organizó un evento para quemar los libros de la serie alegando que las historias enseñaban brujería, satanismo y ocultismo.[55][56]
En los Estados Unidos se han producido convocatorias para excluir los libros de escuelas; éstas, en muchas ocasiones, condujeron a impugnaciones y restricciones en el uso de los libros como máxima consecuencia. En uno de esos casos, el pastor Tony Leanz afirmó que Harry Potter promovía la religión wicca y, tomando la novela como un libro con contenido religioso utilizado en instituciones públicas, sostuvo que violaba la separación del Estado y la Iglesia.[57][58][59][56] En 2003, el Catholic World Report criticó al protagonista de las novelas por la falta de respeto que mostraba hacia las normas y a la autoridad, y consideró que la serie mezclaba los mundos mágicos y mundanos como «un rechazo fundamental del orden divino en la creación».[60]
En el año 2003, Gabriele Kuby publicó un libro titulado Harry Potter: el bien o el mal en el que escribió que «los libros de Harry Potter corrompen los corazones de los jóvenes, obstaculizando el desarrollo de un sentido bien ordenado del bien y del mal, y por lo tanto dañan su relación con Dios mientras la misma aún se está desarrollando».[61] En 2005, el entonces cardenal Joseph Ratzinger —posteriormente el papa Benedicto XVI— recibió una copia del manuscrito de Kuby; poco antes de convertirse en sumo pontífice, Ratzinger —quien un tiempo antes había sido prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe— describió las novelas como una influencia potencialmente corruptora sobre los niños y afirmó que las mismas poseían «sutiles seducciones, que actúan desapercibidas y que de esa manera distorsionan profundamente la cristiandad en el alma antes de que pueda desarrollarse adecuadamente»;[62] tiempo después dio permiso para la publicación de la carta donde expresó dicha opinión.[63] Sin embargo, Peter Fleetwood, un sacerdote británico que ayudó a redactar un documento oficial sobre los fenómenos de la Nueva era en 2003, mencionó que las historias de Harry Potter son historias morales que enseñan a los niños la importancia de hacer sacrificios para superar el mal; «no son malas y tampoco luchan contra la ideología cristiana», declaró el sacerdote.[62][64]
Las respuestas de otros grupos religiosos han sido positivas. Rowling mencionó que sus libros «Así como han sido atacados desde una perspectiva teológica, [también] se los ha alabado y se los ha mencionado en los púlpitos; y para mí, lo más interesante y satisfactorio es que varias religiones diferentes lo hayan hecho». La autora remarcó también que los libros no son «exclusivamente» cristianos y que nunca intentó escribir una alegoría como lo hizo C. S. Lewis con Las crónicas de Narnia.[65] Emily Griesinger escribió que la literatura de género fantástico ayuda a los niños a lidiar con la realidad; según ella, La piedra filosofal describe el primer paso de Harry a través de la plataforma 9 ¾ como una solicitud de fe y esperanza y su encuentro con el Sombrero Seleccionador como la primera de las muchas ocasiones en la que Harry aparece determinado por las decisiones que toma. Griesinger señaló que el sacrificio de la madre de Harry constituía la forma de «magia más profunda» que, por encima de la «magia tecnológica» también presente en la novela, era capaz de vencerlo todo y eso es lo que «el hambre de poder de Voldemort no entiende».[66]
