El narrador cuenta que una vez, cuando era un niño, hizo un dibujo de una boa que digería a un elefante; sin embargo, todos los adultos que veían el dibujo lo interpretaban erróneamente como un sombrero. Cuando trata de corregir esta confusión, se le aconseja que deje de lado los dibujos y se dedique a algo más productivo. El protagonista entonces se lamenta de la poca comprensión que tienen los adultos por la creatividad.
Ya de adulto, el niño se ha convertido en piloto y un día su avión sufre una avería en el desierto del Sahara, lejos de la civilización. Sin embargo, de la nada aparece un pequeño niño al que el aviador llama «el principito». Este le pide que le dibuje una oveja (o cordero, dependiendo de la traducción) pero en su lugar, el aviador decide mostrarle su viejo dibujo del elefante dentro de la boa, que, para su sorpresa, el príncipe interpreta correctamente. Después de varios intentos fallidos de elaborar una oveja, el aviador, en su frustración, termina por dibujarle una caja y le explica que el cordero se encuentra en su interior; el principito lo acepta y le responde que eso era lo que quería.
Con el transcurrir de los días y mientras el aviador intenta reparar el motor de su avión, el principito cuenta su historia de cómo llegó a la Tierra. Este comienza describiendo su pequeño planeta de origen: un asteroide —el Asteroide B-612, según el aviador— un poco más grande que una casa. Las características más destacadas del asteroide son sus tres pequeños volcanes, uno de los cuales se encuentra inactivo, y sus variedades de plantas. El príncipe cuenta cómo pasa sus días en su pequeño planeta: limpiando los volcanes y quitando ciertas semillas que infestan el suelo, sobre todo las semillas de los árboles baobabs que constantemente tratan de crecer. Al parecer, el principito quería un cordero para que se comiera esas plantas indeseables, hasta que el aviador le dice que un cordero también podría comerse a una rosa con espinas. Al oír esto, el príncipe habla del aprecio que tiene por una misteriosa rosa que de pronto empezó a crecer sobre la superficie del asteroide hace algún tiempo. El pequeño príncipe explica que cuida y protege a su rosa con un biombo y una cúpula de cristal y aunque estaba encantado con ella, de pronto empezó a sentir que se estaba aprovechando de él. Así, el principito decidió abandonar su planeta y explorar el resto del universo. A pesar de que la rosa se disculpó por su vanidad y ambos se reconciliaron, esta le animó a seguir adelante con su viaje y el príncipe obedeció.
Desde entonces, el principito había visitado otros seis planetas, cada uno de los cuales estaba habitado por algún adulto de mente estrecha. En el primero se topó con un rey sin súbditos y más adelante con un hombre vanidoso que se creía la persona más admirable en su desolado planeta. En el tercer planeta había un borracho que bebía para olvidar la vergüenza de ser un borracho, mientras que en su próximo viaje conoció a un hombre de negocios que contaba sin cesar las estrellas y absurdamente afirmaba ser dueño de todas ellas. Seguidamente se encontró con un farolero que encendía y apagaba su faro cada minuto, y por último, llegó al planeta de un anciano geógrafo que estaba tan centrado en la teoría que, en realidad, nunca había explorado el mundo que tanto decía conocer. Cuando el geógrafo le pidió que describiera su casa, el principito mencionó a su rosa, pero el anciano le explicó que no registraba cosas «efímeras» como las plantas. El pequeño príncipe estaba sorprendido y dolido por esta revelación, ya que la rosa era de gran importancia para él, pero tras recuperar el ánimo, le pidió al geógrafo que le sugiriera otro planeta para visitar, y este le recomendó la Tierra.
El principito y el aviador junto a su avión en una de las múltiples obras de teatro basadas en el libro.En la Tierra, el principito aterrizó en el desierto, lo que lo llevó a creer que el planeta estaba deshabitado. Luego conoció a una serpiente amarilla que decía tener el poder de regresar a las personas al lugar de donde vinieron. Más adelante, se encontró con una flor que le dijo que no había visto personas desde hace algunos años. Después de subir la montaña más alta que había visto en su vida, el principito esperaba ver toda la Tierra, pero en su lugar solo vio el enorme paisaje desolado. Cuando el príncipe llamó, su eco le respondió, y pensó que se trataba de otras personas burlándose. De nuevo en sus andanzas, se encontró con un jardín lleno de rosas que lo hizo sentir desgraciado, pues pensaba que su rosa era única en el universo. Tras ello, el pequeño comenzó a sentir que no era un gran príncipe después de todo, ya que su planeta solo tenía tres pequeños volcanes y una flor que ahora consideraba común y corriente. Triste, el principito lloró hasta que de pronto apareció un zorro que quería ser domesticado y que a su vez le explicó que su rosa era realmente única y especial porque él la quería. El zorro también le explicó que, en cierto modo, el príncipe había domesticado a la rosa y por eso se sentía tan responsable de ella. El príncipe entonces se tomó el tiempo para domesticar al zorro, aunque luego tuvieron que separarse. Después de haberse despedido del zorro, el joven príncipe conoció a un guardagujas que le contó que las personas viajaban constantemente de un lugar a otro a bordo de los trenes, ya que nunca estaban satisfechas en el lugar donde estaban y que, a diferencia de los niños, tampoco sabían lo que buscaban. Luego, un vendedor le habló al príncipe sobre su producto: una píldora que eliminaba la sed y le ahorraba a la gente cincuenta y tres minutos a la semana. El príncipe pensó que si tuviera ese tiempo libre lo utilizaría para encontrar agua fresca.
De vuelta en el presente, ya han pasado ocho días desde que el avión del aviador se averió y ya se ha agotado su provisión de agua, por lo que comienzan a tener sed; caminaron muchas horas y anocheció. El principito estaba muy cansado así que se sentaron a descansar, conversando sobre por qué el desierto es tan hermoso. El principito le dice que es hermoso porque esconde un pozo de agua en algún lugar. El aviador lo relaciona con una casa que esconde tesoros en alguna parte de ella y dice que sea una casa, una estrella o desierto, lo bello y esencial no se ve con los ojos. Estas palabras le gustaron mucho al principito ya que se parecía mucho a lo que le explicó el zorro. Como el principito se dormía, el aviador lo llevó en sus brazos y continuó caminando. Hasta que al amanecer encontró un pozo, un pozo elaborado y raro para hallarse en el desierto. El aviador sacó el agua para el principito y él lo tomó con mucho gusto como si fuera un regalo, y dijo que las personas no saben lo que buscan, pero en realidad lo que buscan está en una rosa o en un poco de agua, pero no se ve con los ojos sino se tiene que buscar con el corazón. Luego le pidió al aviador que le dibujara un bozal para su cordero y le contó que al día siguiente cumplía un año desde que llegó a la Tierra. El aviador se da cuenta de que el principito estaba buscando el lugar donde había llegado hace un año, para regresar a su casa. Luego, el principito le pide que regrese a este lugar mañana al atardecer. Al día siguiente, mientras se dirige hacia donde está el principito, el aviador descubre que se encuentra hablando con una serpiente sobre su regreso a casa. El príncipe le explica lo que sucede y luego se despide emotivamente del aviador, a la vez que afirma que podrá verse como si hubiera muerto, pero es porque su cuerpo es demasiado pesado como para llevárselo consigo. Además, le dice que no lo vea partir, ya que podría perturbarlo, pero el aviador al darse cuenta de lo que va a ocurrir, se niega a alejarse del príncipe, quien lo consuela diciéndole que solo tiene que mirar a las estrellas y recordar su encantadora risa, y así parecerá que todas las estrellas ríen con él. El príncipe entonces se aleja del aviador, permite que la serpiente lo muerda y cae al suelo sin ni siquiera hacer ruido.
A la mañana siguiente, el aviador intenta buscar el cuerpo del principito, pero no es capaz de hallarlo. Así, la historia termina con un dibujo del paisaje donde el príncipe y el aviador se encontraban el día en que la serpiente mordió al pequeño. Como última solicitud, el aviador pide que, si alguna persona visita ese lugar y se encuentran con un niño de cabello dorado que se niega a responder a lo que le preguntan, le escriban lo más pronto posible.
