El almuerzo desnudo es una novela no lineal, por lo que no se puede establecer una trama en toda la extensión de la palabra. Sí se puede, sin embargo, hacer una recapitulación de algunos de los eventos importantes que ocurren en varias viñetas.
El libro comienza con las aventuras de William Lee (bajo el alias de Lee el Agente), que es el álter ego de Burroughs a lo largo del libro, así como en su trabajo anterior, Yonqui.[7] Su viaje comienza en los Estados Unidos, huyendo de la policía y buscando droga para su próxima dosis. A lo largo de la obra, se presentan pasajes en que se narran algunas de sus experiencias, así como los personajes que conoce en su travesía.
El personaje llega a México, donde se le asigna al Dr. Benway, a quien se conoce como el "Total desmoralizador". La historia avanza a una especie de limbo, llamado Freeland en la obra original y República de Libertonia en las traducciones; aquí se introducen nuevos personajes: Clem, Carl y Joselito, entre otros.
La historia continúa pasando por lugares como un Mercado y más tarde, el Hospital en que trabaja el Dr. Benway, donde se muestra como un gran monstruo manipulador de conciencias.
Se muestran, también, las orgías (sobre todo de tipo homosexual) que un personaje, de nombre Hassan organiza en Interzonas.
A lo largo de toda la historia se ridiculiza la sociedad norteamericana posterior a la Segunda Guerra Mundial, burlándose de sus instituciones, su gobierno, sus iglesias y clichés.
