La novela está ambientada en la ciudad de Lisboa en 1938, en pleno régimen salazarista. Pereira es un periodista que ha abandonado la crónica negra para dirigir la sección cultural de un periódico de la ciudad, el Lisboa. Es un hombre tranquilo, sin ideas políticas, dedicado solo a la literatura, a la francesa en particular, y al recuerdo de su mujer, muerta pocos años antes, y con cuyo retrato sigue hablando cada día.
Todo se trastorna cuando Monteiro Rossi, un joven filósofo que ha escrito una tesis sobre la muerte, llama la atención del protagonista. Pereira se pone en contacto con él para entrevistarlo y su imagen y personalidad dejan huella en el periodista, quien acaba ofreciéndole un trabajo. Le propone escribir unas necrológicas de escritores célebres todavía vivos, compuestos anticipadamente de modo que puedan estar listos en caso de muerte del sujeto. Monteiro, en lugar de escribir los imparciales necrológicos solicitados, escribe otras, por ejemplo las de Marinetti o Gabriele D'Annunzio, en las que los ataca ferozmente por su adhesión al fascismo. Se trata de artículos incómodos, peligrosos por añadidura. Pereira se debate entre el deseo de ayudar a Monteiro Rossi y el de no verse envuelto en las cuestiones políticas enarboladas por el joven.
Poco a poco, Pereira empieza a admitir la realidad del régimen bajo el que vive, la violencia, el clima de intimidación, la censura a la que es sometida la prensa, todo aquello que no había querido ver hasta ahora, aislándose de la vida real, concentrado solo en el recuerdo de la esposa y en la literatura.
Poco tiempo después, Pereira conoce a Cardoso, un médico que le confía el propósito de abandonar Portugal y marchar a Francia, ideal de libertad. Pereira habla con Cardoso de la sensación de inquietud que experimenta desde hace un tiempo, y Cardoso le expone una teoría personal sobre la confederación de las almas. Cada uno, según esta teoría, tiene no una, sino muchas almas, una de las cuales es la dominante; a veces puede suceder que otra de esas almas adquiera preponderancia, determinando así una verdadera y propia metamorfosis; la inquietud de Pereira podría ser, por tanto, el preludio de un gran cambio.
Monteiro Rossi pide a Pereira que aloje a su primo, que está reclutando jóvenes en el Alentejo para combatir contra Franco en la Guerra Civil Española. Son descubiertos y Monteiro Rossi es asesinado por la policía política, la PIDE, en casa de Pereira. De este crimen Pereira obtendrá la fuerza para actuar. Con una arriesgada treta, conseguirá saltarse la censura, publicar en su propio periódico un largo artículo de denuncia del homicidio y del régimen, para, inmediatamente, huir de Portugal y del fascismo.
