Persépolis empieza con una introducción realizada por David B., en la que se narra de manera abrevada la historia de Irán, desde la primera invasión árabe en el año 642 hasta la conformación del Imperio Persa y la Revolución iraní de 1979.
En 1979, precisamente, se sitúa el comienzo de la acción del primer tomo. Marjane, la protagonista, tiene apenas diez años. Sus vivencias infantiles, tanto con su familia como con sus amigos, están profundamente signadas por la crisis sociopolítica que atraviesa Irán. Día a día, la gente se manifiesta en contra del sha, exigiendo su renuncia. Los asesinatos y los encarcelamientos políticos a los manifestantes forman parte de la cotidianeidad. Finalmente, el sha es derrocado por la Revolución iraní. Sin embargo, esta revolución, a priori, progresista, da un giro y establece un gobierno islamita fundamentalista.
En este complejo contexto sociopolítico, Marjane atraviesa distintos conflictos en torno a sus creencias y su identidad. La religión, las diferencias de clase, las contradicciones en los ideales de izquierda son algunos de los temas que interpelan a la protagonista y le hacen cuestionarse qué es lo verdadero y lo correcto. Además, el encarcelamiento y el asesinato de su querido tío Anoush por parte del régimen islamita le hacen vivir el horror en primera persona. El primer tomo finaliza con el comienzo de la guerra entre Irán e Irak en 1980.
El segundo tomo abarca el periodo entre 1980 y 1984. Aquí se narra, por un lado, la profundización del horror impuesto por el régimen islamita y de las atrocidades de la guerra y, por otro, el crecimiento de Marjane, que, en estos cuatro años, deja de ser una niña y se convierte una adolescente. El choque entre las severas imposiciones del régimen y la rebeldía de Marjane es el núcleo de este segundo tomo. Marjane vive su adolescencia como cualquier jovencita occidental, pero dentro de un contexto sociopolítico sumamente riesgoso. Su rebeldía se manifiesta también con sus padres, quienes intentan restringir sus excesos adolescentes en pos de protegerla del régimen. Finalmente, ante la imposibilidad de limitar la rebeldía de su hija, los padres de Marjane deciden enviarla a Viena para que continúe allí sus estudios y pueda vivir una vida libre. Con la partida de Marjane a Europa, a sus catorce años, termina el segundo tomo.
