El 20 de agosto de 1857, el autor es acusado de ultraje a la moral pública, por lo que se ve obligado a quitar seis de sus poemas. Hemos de tener en cuenta que Baudelaire, a raíz de esta condena, se decidió a cultivar otro género literario que él califica «más peligroso todavía que el poema en verso»: el poema en prosa, del que nacerán Los pequeños poemas en prosa o Spleen de París.
La condena por la publicación de Las flores del mal es un caso controvertido. Muchos de los poemas aparecidos en este libro ya los había publicado Baudelaire en diversos periódicos sin penalización alguna. Pero la contradicción reside en la política ambigua contra ciertos escritores durante el gobierno de Napoleón III. En un principio la multa fue de 300 francos, reducida luego por la emperatriz a 50 francos, cuando por la publicación de los mil cien ejemplares de Las Flores del Mal cobró una octava parte del precio de catálogo, o 25 céntimos (el doble que por la traducción de cinco volúmenes de Edgar Allan Poe, que hizo entre 1856 y 1865): lo que se resume a un cobro de 275 francos menos la multa inicial reducida a 50.
La multa contrasta con el hecho de que Baudelaire recibía del estado francés 2500 francos -sueldo medio anual de un funcionario- de ayuda a la creación literaria, o el subsidio por enfermedad (la sífilis, de la que moriría en 1867 y que le mantendría durante su último año de vida bajo los síntomas de afasia y hemiplejía) para sufragar los gastos de la clínica en París. Este doble papel de la autoridad quería mantener la imagen de mártir de sus literatos, sin afectarlos directamente, circunstancia esta que no destacan sus hagiógrafos.
El decimonoveno poema de este libro, "La Giganta" (La Géante), inspiró al cineasta Philippe Ramos en su película Capitán Achab, y ayudaría a caracterizar a la ballena Moby Dick.
