La historia sigue las aventuras de Diego Alatriste, un soldado español que luchó en la Guerra de los Ochenta Años. Después de retirarse del ejército, Alatriste se encuentra viviendo como un empobrecido espadachín de alquiler en Madrid.
Un día, Alatriste es contratado para proteger a un hombre de un intento de asesinato. Durante la misión, conoce y se hace amigo de un joven llamado Íñigo Balboa. Balboa pronto se convierte en el compañero y aprendiz de Alatriste, acompañándole en sus diversas aventuras. Mientras viajan por España, se ven envueltos en peligrosas intrigas que involucran a políticos corruptos y a poderosos nobles.
Alatriste y Balboa se ven envueltos en una conspiración relacionada con un collar robado que pertenece a la reina Mariana de Austria. En sus esfuerzos por recuperar el collar, deberán enfrentarse a poderosos enemigos como el Duque de Olivares y el Conde-Duque de Olivares. Por el camino, también se alían con algunos de los personajes más influyentes de Madrid, como Don Francisco de Quevedo y Lope de Vega.
El dúo consigue finalmente recuperar el collar, pero con un gran coste personal. Alatriste casi muere durante la misión y Balboa se ve obligado a abandonar Madrid por su seguridad. A pesar de su éxito, Alatriste queda profundamente afectado por todo lo sucedido, lo que le lleva a reflexionar sobre su vida y su futuro con una nueva claridad.
Al final de la historia, vemos que, a pesar de todas las dificultades y tragedias, Alatriste sigue teniendo fe en sí mismo y en los que le rodean; continúa luchando por la justicia con valentía e integridad, al tiempo que aprecia cada momento con su querido aprendiz Íñigo Balboa.
