La obra ha tenido críticas muy variadas desde su publicación original. Con respecto al lenguaje empleado, varios críticos opinan que está bien expresado en el contexto característicamente criollo, mientras que otros piensan que esta particularidad provoca que el libro tenga una prosa opaca y sin equilibrio. Por ejemplo, el crítico literario argentino Álvaro Melián Lafinur escribe: «La prosa de Sarmiento es incoercible, desigual, bárbara, carece de gusto e ignora o desdeña el valor fonético de las palabras y el arte de su colocación armoniosa. En vano se buscaría en las páginas de Facundo el equilibrio, la exactitud, la suavidad del matiz, la ática pureza».[90] Por el contrario, personalidades como Guillermo Hudson, Carlos Guido Spano y Miguel de Unamuno halagan la escritura, señalando incluso que es superior a la utilizada en los libros españoles.[91]
Las intenciones de Sarmiento al escribir el libro han sido motivo de varios debates entre sociólogos, críticos y expertos en política argentinos. Muchos piensan que Sarmiento quería dar a entender que la barbarie (representada por las figuras de Facundo y Rosas) no puede coexistir de ninguna manera con la civilización, por lo que es necesario deshacerse completamente de la primera.[92]
En este sentido, Arturo Jauretche, en su Manual de zonceras argentinas, describe la dicotomía de Civilización y Barbarie como la zoncera progenitora de todo el resto. Es una zoncera autónoma, porque no proviene de la mala interpretación o falsificación de hechos históricos que critica el revisionismo. Para Jauretche, esta dicotomía, claramente fundamental en la obra, es abstracta, intrínseca, conceptual, ahistórica, sincrónica, derivada de una "intelligentzia" e ideología mesiánica y por tanto, civilizatoria. Enunciar estos opuestos de civilización y barbarie e identificar a Europa con la primera y su importación como la única manera de llegar a ella, y a América como la segunda, como barbarie, se ponen como antítesis. Se niega una para llegar a la otra: a América para llegar a Europa, para ser civilización. Para progresar, no evolucionando, sino sustituyendo. De cualquier manera, comprende Jauretche que en Sarmiento había una necesidad histórica que justificaba su ideología liberal oligárquica y según Jauretche, anti-nacional.[93]
Noé Jitrik, el autor de Muerte y resurrección de Facundo, escribe que en el libro Sarmiento se contradice a sí mismo, ya que en la primera parte se dedica a dilapidar la imagen de Facundo Quiroga y en la segunda, cuando profundiza más en su vida, lo describe de una manera diferente, sin tanta aversión, humanizando al caudillo.[94] Enrique Anderson Imbert explica esta contradicción explicando que la principal intención de Facundo es hundir a Rosas, y que para hacerlo Sarmiento debió valerse hasta del recurso de salvar en ciertas circunstancias a Facundo.[95] Sarmiento justificó su postura antirrosista afirmando que solo cuando finalizase su gobierno, el país podría civilizarse y llegar a imitar a los pares europeos.[96]
El investigador cubano-estadounidense Roberto González Echevarría describió a la obra como el «libro más importante que haya sido escrito por un latinoamericano en cualquier disciplina o género».[97]
En su comentario a la obra el escritor argentino Jorge Luis Borges ha dicho que: «No diré que el Facundo es el primer libro argentino; las afirmaciones categóricas no son caminos de convicción sino de polémica. Diré que si lo hubiéramos canonizado como nuestro libro ejemplar, otra sería nuestra historia y mejor».
"Facundo no sólo es una formidable pieza literaria, también es uno de los libros centrales del pensamiento filosófico de occidente", dice José Pablo Feinmann en el estudio preliminar de la edición de 2009.[98]
Varios escritores han señalado que Sarmiento, además de contradecirse en la precisión de los hechos históricos, utilizó la exageración para describir la situación de las campañas y las ciudades, a las cuales caracterizó como opuestas e incapaces de convivir. Según Alberto Palcos, las campañas y las ciudades «convivían y se influenciaban unas a otras; la barbarie no era total en el campo ni la civilización en la ciudad».[99] Otras críticas a Sarmiento radican en su descripción de la figura del gaucho, el cual actualmente es uno de los símbolos de la identidad argentina: en Facundo, Sarmiento lo describe como «desocupado, despreocupado e irresponsable» además de «bárbaro y carente de civilización», basándose en las imágenes de Quiroga y Rosas, y propone desplazarlo de la sociedad hasta erradicarlo, apoyando la campaña en su contra que llevó a cabo Bartolomé Mitre.[96]
