Los temas son el principal conflicto del libro, ya que se basan en la ausencia de Johnny y en su otro mundo, ya sea cuando toca el saxo o cuando habla con Bruno.
Tiempo
El tiempo es el tema principal de El perseguidor. Hay muchos autores que afirman que existen dos formas opuesta para entender la realidad. Diferencian, por un lado, el Cronos, el tiempo considerado normal, que es mesurable con el reloj y que es, sin duda, el tiempo en el que vive Bruno. Por otro lado, está el Aion, el tiempo que no se puede atrapar, que no es hoy ni mañana, que no tiene territorio, que huye. Es lo que persigue Johnny Carter. El episodio del metro le permite, por ejemplo, acceder a ese otro tiempo, donde perder el saxo es lo de menos. Además, Johnny sabe que su experiencia temporal es radicalmente distinta a la de Bruno.
Música
La música es otro tema importante ya que Johnny no toca el saxofón ni porque le interesa conferirle valor cultural ni porque piensa que es necesario revolucionarla (eso lo hace sin querer), sino porque es un remedio para intentar alcanzar la realidad superior que persigue. Por tanto, sus improvisaciones musicales son el vehículo con el que trata de penetrar la suprarrealidad.
Marihuana
La drogadicción de Johnny puede enmarcarse en esta búsqueda metafísica. De hecho, algunas drogas intensifican y alteran las sensaciones y percepciones arrancando al hombre de la realidad cotidiana y transportándolo (metafóricamente hablando) a otro lugar en el que encuentra una paz espiritual. Además, no solo contempla la vida desde una perspectiva más amplia sino que, también, experimenta una suerte de reconciliación de las contradicciones de su ser.
