El rasgo más destacado de la obra por historietistas y periodistas especializados es la amplitud de interpretaciones sutiles, referencias veladas o segundas lecturas (algunas incluso involuntarias). Oesterheld indica que, en El Eternauta, el protagonismo siempre recae en un grupo de personas, más grande o más pequeño, conformando un «héroe en grupo» al que considera más valioso que el clásico héroe individual que triunfa sin ayuda de otros.[3]
El comentario más frecuente señala en los invasores y en sus métodos referencias veladas a los golpes de estado que a menudo vivía el país.[4] En este sentido, las tres versiones escritas por Oesterheld (la primera, la de Breccia y la segunda) coincidieron, respectivamente, con los gobiernos de facto de Pedro Eugenio Aramburu, Juan Carlos Onganía y el Proceso de Reorganización Nacional.
También se ha señalado que —exceptuando a los «Ellos», que son mencionados pero no aparecen en ningún momento— ninguno de los invasores es de naturaleza malvada: se trata de seres forzados a cumplir la voluntad de otros. En este detalle se ha querido ver una crítica a la guerra en forma conceptual,[5] o incluso un alegato sobre la lucha de clases.[6]
La lectura política proviene en gran parte de notas firmadas por Carlos Trillo y Juan Sasturain durante la dictadura y poco después. Esos textos colaboraron a interpretar El Eternauta “como metáfora de parte de nuestra historia nacional, como si el autor hubiera intentado dejarnos un mensaje cifrado de resistencia a la opresión”, señala Gago, autor del libro-tesis Sesenta años de lecturas de Oesterheld.
Esa interpretación también está favorecida por el reconocimiento de Oesterheld como militante desaparecido y como autor que en obras de los años 70 explicitó su compromiso ideológico. Antes de su desaparición, el significado de El Eternauta estaba más vinculado a la idea de la aventura. Para la conmemoración de los 50 años de El Eternauta, la figura del combatiente del traje aislante que avanza con determinación hacia su destino poblaba muros callejeros y volantes de agrupaciones estudiantiles, asociado a la idea de resistencia.[7]
