El Castillo de Otranto cuenta la historia de Manfredo y su familia. Manfredo, el príncipe de Otranto, desea asegurar el castillo para sus descendientes ante una misteriosa maldición. La novela está dividida en cinco capítulos.
Capítulo 1
Manfredo tiene dos hijos: Matilda, de 18 años, y Conrado, de 15 años y su predilecto. El libro comienza el día en que debe celebrarse la boda arreglada entre el enfermizo Conrado e Isabella, hija del marqués de Vicenza. Sin embargo, poco antes de la boda, Conrado muere aplastado por un yelmo gigantesco que le cae desde arriba. Este inexplicable acontecimiento resulta particularmente siniestro a la luz de una antigua profecía, según la cual "el castillo y señorío de Otranto dejarían de pertenecer a la actual familia, cuando el verdadero propietario creciera tanto que no pudiera habitarlo". Manfredo, aterrorizado de que la muerte de Conrado marque el principio del fin de su linaje, decide evitar la destrucción casándose él mismo con Isabella, divorciándose de su actual esposa, Hipólita, quien Manfredo cree que no le ha dado un heredero adecuado debido a la enfermiza condición de Conrado antes de su prematura muerte.
Sin embargo, cuando Manfredo le hace la propuesta a Isabella, ella huye. Manfredo la persigue, pero es detenido por el fantasma de uno de sus antepasados. Isabela consigue escapar por un pasaje subterráneo gracias a la ayuda de Teodoro, un campesino que había identificado correctamente que el yelmo gigante que había matado a Conrado era idéntico al que lleva la estatua de Alfonso el Bueno, un anterior príncipe del señorío de Otranto. Teodoro es descubierto por Manfredo y hecho prisionero. Los sirvientes también le dicen que vieron los brazos y piernas de un gigante en el pasillo.
Capítulo 2
A la mañana siguiente, el padre Jerónimo le informa a Manfredo que Isabella fue encontrada en la iglesia del convento. Manfredo acusa a Teodoro de tener una responsabilidad mágica por haber convocado el yelmo que mató a Conrado y ordena la muerte de Teodoro. El campesino quiere confesarse antes de morir y el padre Jerónimo toma su confesión. Cuando Teodoro se quita la camisa para ser ejecutado, Jerónimo reconoce una marca debajo de su hombro e identifica a Teodoro como su propio hijo y, por lo tanto, de noble cuna (ya que anteriormente Jerónimo había sido el conde de Falconara, en Sicilia). Jerónimo ruega por la vida de su hijo, pero Manfredo le dice que Jerónimo debe entregar a la princesa o la vida de su hijo. Son interrumpidos entonces por un sonido de trompetas y la entrada de caballeros de otro reino.
Capítulo 3
Los caballeros quieren entregar Isabella a Federico, su padre, junto con el señorío, ya que Federico tiene más derechos sobre él por estar emparentado con Alfonso el Bueno, quien falleció sin hijos (otra razón por la que Manfredo desea casarse con Isabella). La esposa de Federico murió al dar a luz a Isabella. Federico, afectado, partió a Tierra Santa a luchar en las Cruzadas. Con el rumor de que Federico había muerto en batalla, Manfredo sobornó a los guardianes de Isabella para que la entregaran como prometida a Conrado. Isabella escapa del convento, lo que lleva a los caballeros y a Manfredo en una carrera para encontrarla.
Matilda aprovecha para liberar a Teodoro, que había sido encerrado en una torre por Manfredo. Lo lleva al arsenal del castillo, le entrega a Teodoro una armadura y una espada, y le muestra la salida. En el bosque se encuentra con Isabella, la esconde en una cueva donde bloquea la entrada para protegerla de Manfredo y termina luchando contra uno de los misteriosos caballeros. Teodoro hiere de gravedad al caballero, que resulta ser Federico.
Capítulo 4
El grupo lleva a Federico de vuelta al castillo y éste cuenta la siguiente historia: hecho prisionero por los infieles, había soñado que su hija estaba detenida en un castillo donde acechaban las desgracias más terribles y que, si lograba liberarse y dirigirse a un bosque cercano a Joppa, obtendría allí más información. Después de que se le pagara a los sarracenos por su rescate, Federico llegó a una ermita donde encontró a un ermitaño agonizante. El ermitaño le solicita a Federico que, después de fallecer y ser sepultado, cave en un lugar específico. Al realizar esto encuentra una enorme espada con una inscripción que auguraba un peligro para su hija.
De peligros está la doncella rodeada donde encuentres un yelmo para esta gran espada; por la sangre de Alfonso será tu hija salvada y la sombra del príncipe para siempre aliviada.
Manfredo se asombra con el parecido de Teodoro con Alfonso. Después Teodoro, a solicitud de Manfredo, cuenta su historia: a los cinco años fue secuestrado y esclavizado con su madre por corsarios argelinos en la costa de Sicilia. Un año después su madre falleció, no sin antes revelarle que era hijo de Jerónimo. Dos años antes de la muerte de Conrado, Teodoro fue rescatado por un navío cristiano y llevado de vuelta a Sicilia para buscar a su padre. Sin embargo, descubrió que Jerónimo había renunciado como conde de Falconara y retirado a un monasterio en el reino de Nápoles. Desde entonces Teodoro había viajado y labrado el campo en búsqueda de su padre.
Durante la estancia en el castillo para aclarar las cosas, Federico se enamora de Matilda. Manfredo propone darle la mano de Matilda a Federico a cambio de la de Isabella y el marqués, fascinado por Matilda, accede.
Capítulo 5
La mano de un gigante se vuelve a ver en el pasillo. Posteriormente, Federico cambia de opinión respecto a casarse con Matilda debido a la aparición de un espectro, que no es otro sino el ermitaño que había sepultado en Joppa.
Manfredo, sospechando que Isabella se encontrará con Teodoro en un encuentro amoroso en la iglesia, se lleva consigo un cuchillo mientras se dirige al lugar. Al ver a Teodoro con una mujer y, creyendo que es Isabela, la apuñala por haberlo rechazado, hiriendo de muerte, en cambio, a Matilda. Tras la muerte de Matilda y con un Manfredo arrepentido de sus actos, un rugido hace que el castillo se derrumbe y la figura de Alfonso aparece en el centro de las ruinas y declara cumplida la profecía: "Contemplad en Teodoro al auténtico heredero de Alfonso", dice la aparición antes de ascender al cielo, donde las nubes revelan la figura de San Nicolás de Bari. Manfredo, consternado, revela cómo su abuelo usurpó el señorío de Otranto y Jerónimo cuenta la historia de los antepasados de Teodoro, revelando así que Teodoro es el verdadero príncipe de Otranto.
Manfredo abdica del principado y se retira a la vida religiosa junto con Hipólita. Teodoro se convierte en príncipe de los restos del castillo y se casa con Isabella, pues ella es la única que realmente puede comprender su dolor de haber perdido a Matilda.
