La soledad
Durante la novela, todos sus personajes parece que están predestinados a padecer de la soledad, como una característica innata de la familia Buendía.[20][21] El pueblo mismo vive aislado de la modernidad, siempre a la espera de la llegada de los gitanos para traer los nuevos inventos; y el olvido, frecuente en los acontecimientos trágicos recurrentes en la historia de la cultura que presenta la obra.
Principalmente se hace evidente la soledad en el coronel Aureliano Buendía, ya que su inhabilidad para expresar el amor hace que se marche a la guerra dejando hijos por diversos lugares de madres diferentes; en alguna ocasión solicitó trazar un círculo de tres metros a su alrededor para evitar que se le acercaran y después de firmar la paz, se dispara en el pecho para no tener que afrontar su futuro, con tan mala fortuna que no logra su propósito y pasa su vejez en el laboratorio de alquimia elaborando pescaditos de oro que deshace y rehace en un pacto honrado con la soledad. Otros personajes como el fundador de Macondo, José Arcadio Buendía (quien muere solo, atado a un árbol), Úrsula (quien vive la soledad en la ceguera de su vejez), José Arcadio (hijo del fundador) y Rebeca (quienes se marchan a habitar solos en otra casa por haber "deshonrado" a la familia), Amaranta (quien permanece y muere soltera y virgen), Gerineldo Márquez (quien espera una pensión que nunca llega y el amor de Amaranta), Pietro Crespi (quien se suicida ante el rechazo de Amaranta), José Arcadio Segundo (quien desde que vio un fusilamiento nunca tuvo relación con nadie y pasó sus últimos años encerrado en el cuarto de Melquíades), Fernanda del Carpio (quien fue criada para ser reina y la primera vez que sale de su casa es a los 12 años de edad), Remedios 'Meme' Buendía (la cual fue enviada a un convento, en contra de su voluntad, pero completamente resignada luego de la desgracia que sufrió Mauricio Babilonia y se condena al eterno silencio), y Aureliano Babilonia (quien pasa encerrado en el cuarto de Melquíades; e incluso hubo un momento en que habitó completamente solo en la casa de los Buendía, después del asesinato del último José Arcadio y antes de la llegada de Amaranta Úrsula) entre otros, sufren las consecuencias de su soledad y abandono.
La razón primordial por la cual sus personajes terminan solos es su incapacidad de amar o sus prejuicios, lo cual se rompe con la relación de Aureliano Babilonia y Amaranta Úrsula, que provocan un final lúgubre en la historia en el cual el único hijo procreado con amor es devorado por las hormigas. La estirpe estaba condenada a cien años de soledad, por lo cual no podían amar. Hay un caso excepcional que es el de Aureliano Segundo con Petra Cotes, quienes se aman, pero nunca tienen un hijo. La única opción que tenía un miembro de la familia de tener un hijo con amor era tenerlo con otro miembro de la familia, que fue lo que aconteció con Aureliano Babilonia y su tía Amaranta Úrsula, y además este único ser engendrado con amor estaba destinado a morir y con ello acabar con la estirpe.
El realismo mágico
Alejo Carpentier, en su prólogo a El reino de este mundo (1949), hace una diferencia entre el realismo europeo o decimonónico y lo distingue de lo que él llama "lo real maravilloso" que habla de la realidad hispanoamericana, en contraste con la categoría llamada realismo mágico que según Barcia es una particular forma de percepción y expresión estética de la realidad hispanoamericana, esta última siendo una categoría estético-literaria.[22] Para el mismo García Márquez, Cien años de soledad es la mejor expresión del realismo mágico pues se reconocen los rasgos distintivos, por ejemplo: una aclimatación de lo insólito, percibido como inserto en la realidad.[23] Esta presencia no es percibida como anormal o alteradora del orden; en cambio, es vista como asombrosa y atractiva, y no como atemorizante, como ocurre con lo fantástico.[22]
El incesto
Las relaciones entre parientes se marcan dentro del mito del nacimiento de un hijo con cola de cerdo; a pesar de ello, estas son presentes entre diversos miembros de la familia y diversas generaciones a lo largo del relato.
La historia comienza con la relación entre dos primos: José Arcadio Buendía y Úrsula, quienes crecieron juntos en la antigua ranchería, y tienen referencia de unos tíos suyos que tuvieron un hijo con cola de cerdo.[24][25] Posteriormente José Arcadio (hijo del fundador, a quien en la novela se diferencia del padre nombrándolo siempre sin el apellido) se casa con Rebeca, hija adoptiva de José Arcadio Buendía y Úrsula, en una supuesta relación de hermanos. Cuando llega inesperadamente José Arcadio a la casa se enamoran instantáneamente y se casan, cosa no aprobada por la familia, especialmente Úrsula, que lo considera una traición. Aureliano José se enamora de su tía Amaranta en una relación frustrada, llegando a proponerle matrimonio, pero es rechazado. Finalmente se presenta la relación entre Amaranta Úrsula y su sobrino Aureliano, quienes desconocen su parentesco debido a que Fernanda del Carpio, abuela de Aureliano y madre de Amaranta Úrsula, ocultó la verdad del origen de él, afirmando que había sido encontrado en una canastilla que flotaba en el río.
