En su primer capítulo, "Economía", Thoreau presenta su propósito al escribir el libro, diciendo que pretende responder a las preguntas que la gente se ha hecho sobre sus razones para vivir solo en una cabaña en el bosque cerca de Walden Pond durante dos años. Explica que la mayoría de la gente vive su vida como si durmiera, siguiendo ciegamente las costumbres de sus padres, y queda atrapada en esas vidas al poseer propiedades y esclavizarse en trabajos para mantener su modo de vida. Por el contrario, él trató de descubrir las verdaderas necesidades de la vida y construyó una cabaña, por el coste de 28,12 dólares, cerca de Walden Pond, donde vivió durante dos años, a partir del verano de 1845. Obteniendo un beneficio de 8,71 dólares con la venta de las judías que cultivaba y realizando ocasionalmente trabajos esporádicos, descubrió que era capaz de mantenerse con muy poco trabajo y mucho tiempo para la contemplación de sí mismo y de la naturaleza.
En el segundo capítulo, "Dónde viví y para qué viví", habla de cómo una vez pensó en comprar la granja Hollowell para sí mismo, pero la compra fracasó. En su lugar, creó una nueva existencia para sí mismo en Walden, donde encontró alegría y plenitud en la naturaleza, despertando verdaderamente en sus mañanas allí, mientras la mayor parte de la sociedad permanece perpetuamente dormida, viviendo vidas mezquinas cuando la posibilidad de una vida mucho mejor es posible. La clave para lograr una vida así, dice, es la sencillez.
En el tercer capítulo, "La lectura", Thoreau describe cómo obtiene iluminación de la lectura de Homero y otros grandes escritores, hombres que hablaron de la verdad y hablan de la vida en términos demasiado nobles para que la mayoría los entienda. La mayor parte de la sociedad, sin embargo, no se contenta con esforzarse por alcanzar tales verdades y, en su lugar, pierde el tiempo leyendo ficción popular y periódicos, cuando debería dedicarse a mejorar la cultura intelectual, haciendo que el pueblo de Concord se convirtiera en una universidad.
Sin embargo, como Thoreau relata en el cuarto capítulo, "Sonidos", durante su primer verano en Walden pasó el tiempo arando habas, en lugar de leyendo, o sentado toda la mañana observando y escuchando a los pájaros. Esa ensoñación se ve interrumpida por el silbido y el estruendo del tren que pasa, que recuerda a Thoreau la destrucción de la naturaleza y la vida en el campo por el progreso y la industrialización. Por la noche, los ululatos de los búhos le producen melancolía, recordándole los gritos humanos de dolor.
En el quinto capítulo, "La soledad", Thoreau se siente tan parte de la naturaleza que se burla de la sugerencia de uno de sus conciudadanos de que podría sentirse solo en Walden. En lugar de ello, relata su disgusto por la vida en el pueblo, donde la gente se ve demasiado, de modo que la interacción humana se vuelve trivial.
En el sexto capítulo, "Visitantes", Thoreau se alegra de que aquellos que le molestarían con asuntos triviales no le visiten en Walden. En su lugar, sus visitantes son leñadores canadienses, cuyo pensamiento directo y amor por la vida agradan a Thoreau. Otros visitantes son los medio tontos del asilo, que Thoreau considera más intelectuales que la mayoría de los capataces, y hombres de negocios, que ya no disfrutan realmente de la naturaleza. Las personas más felices que visitan el estanque son los niños y las mujeres jóvenes.
En el capítulo siete, "El campo de judías", Thoreau describe cómo segó y cuidó dos acres de judías, algunas de las cuales vendió, con un beneficio de 8,71 dólares. Aunque los granjeros que pasaban por allí le criticaban por no utilizar arado ni fertilizante, el hecho de tener que trabajar tanto y tan duro le hizo acercarse a la tierra, disfrutando de verdad de su trabajo en lugar de verlo como un medio de obtener beneficios, como la mayoría de los granjeros.
El octavo capítulo, "El pueblo", relata la incomodidad de Thoreau al visitar la ciudad cada pocos días, donde las miradas de la gente y su sed de cotilleos son invasivas y donde las atracciones de tabernas, tiendas y comercios son una tentación. Siempre se siente aliviado al volver a casa, a su cabaña, pero le preocupa que la sociedad le busque allá donde vaya. Un día, fue al pueblo a ver al zapatero y lo detuvieron por no pagar impuestos a un gobierno que apoya la esclavitud. Pasó una noche en la cárcel. (La experiencia daría pie al ensayo de Thoreau "Desobediencia civil").
Viviendo en el bosque, Thoreau dedica su tiempo a experimentar la naturaleza, como describe en el capítulo nueve, "Los estanques", a veces pescando con un anciano con problemas de audición y a veces flotando en su barca tocando la flauta. Describe detalladamente las masas de agua circundantes: Flint's Pond, White Pond, Goose Pond y Fair-Haven Bay, pero Walden, con su agua pura y cristalina, es el epítome de lo que ofrece la naturaleza.
En el capítulo diez, "La granja Baker", Thoreau describe una visita para ir a pescar a la granja Baker. Cuando le sorprende un chaparrón, se refugia en la cabaña del "bogger" irlandés John Field y su familia. Aunque intenta convencer a Field de que se podría conseguir una vida más sencilla y fácil con mucho menos trabajo, Field no puede concebir tal posibilidad. Cuando deja de llover, incluso hace un trabajo extra para pescar menos peces que Thoreau.
En el undécimo capítulo del libro, "Leyes superiores", Thoreau describe un sentimiento de animalidad que le invade de vez en cuando y que le hace desear devorar cruda una marmota. Ve en sí mismo impulsos enfrentados, a la animalidad y a la espiritualidad, y trata de fortalecer su yo espiritual, absteniéndose de cazar o comer carne. Espera que los niños que cazan se conviertan en hombres que aprecien la naturaleza a nivel espiritual.
El capítulo doce, "Vecinos brutos", comienza con un diálogo entre el Ermitaño, que representa la naturaleza contemplativa de Thoreau, y el Poeta, que le tienta para que abandone sus meditaciones y se dedique a pescar. Continúa describiendo a sus vecinos animales, entre los que se incluyen simpáticos ratones y perdices, así como una guerra que presenció entre hormigas rojas y negras y un somorgujo al que siguió por el estanque en su barca pero al que nunca pudo atrapar.
El capítulo trece, "Inauguración de la casa", inicia la descripción de Thoreau de los meses de invierno. A medida que el tiempo se vuelve más frío en octubre y noviembre, construye una chimenea y enluce el interior de sus paredes. Cuando el estanque se congela, estudia el fondo del lago y la formación de burbujas de hielo dentro del propio hielo.
En el decimocuarto capítulo, "Antiguos habitantes y visitantes de invierno", la naturaleza está casi en silencio y la nieve impide a Thoreau aventurarse mucho fuera. En su lugar, reflexiona sobre los antiguos habitantes del bosque, entre ellos los antiguos esclavos Cato Ingraham, Zilpha, Brister y Fenda Freeman, y el irlandés Hugh Quoil. Sólo quedan algunos restos de las chimeneas y los pozos cubiertos de sus casas. A veces Thoreau sale a pasear, y en una ocasión ve a un búho aparentemente inactivo que de repente se va volando, y al volver a casa se encuentra con visitantes, entre ellos un granjero, un poeta y un vendedor ambulante-filósofo.
En el capítulo quince, "Animales de invierno", Thoreau describe cómo contempla el paisaje transformado desde el centro de los lagos y lo ve bajo una nueva luz y cómo oye a los animales, entre ellos búhos y zorros perseguidos por sabuesos. Un día, ve un conejo que le parece miserable hasta que se aleja saltando, claramente una parte fuerte y digna de la naturaleza.
En el capítulo dieciséis, "El estanque en invierno", se despierta una mañana después de una noche de preguntas y se da cuenta de que la naturaleza está serena y no hace preguntas. Hace agujeros en el hielo de Walden, midiendo la profundidad del estanque, que algunos han calificado de sin fondo. En enero, unos jornaleros irlandeses que trabajan para un hombre rico llegan para cortar y llevarse el hielo para venderlo. Esto molesta a Thoreau, hasta que se da cuenta de que gente de todo el mundo podrá probar Walden. El lago no tarda en volver a congelarse.
En el capítulo diecisiete, "El deshielo", el lago empieza gradualmente a agrietarse, a gemir y a romperse. Thoreau describe con gran detalle la arena que se abre paso a través de la nieve y fluye como follaje por las orillas del ferrocarril. Los pájaros comienzan a regresar y los árboles se vuelven más verdes. Pronto llega el verano y, tras dos años en Walden, Thoreau se marcha.
En su "Conclusión", Thoreau explica que abandonó Walden porque le quedaban muchas vidas por vivir. Insta a sus lectores a volverse hacia el interior en inmensos viajes espirituales de autodescubrimiento; a encontrar la plenitud en la naturaleza más que en las riquezas; y a evitar el conformismo y vivir su propia vida como debe. Concluye con la historia de un insecto que emergió de la madera de una mesa después de sesenta años y espera que los seres humanos despierten del mismo modo y emerjan a una nueva vida.
