Henry David Thoreau nace el 12 de julio de 1817 en Concord, Massachusetts, donde pasará la mayor parte de su vida, y donde morirá en 1862. Su padre, John Thoreau, un fabricante de lápices, y su madre, Cynthia Dunbar Thoreau, lo bautizan con el nombre David Henry, pero lo llaman Henry. De adulto, Thoreau empieza a utilizar Henry David, invirtiendo el orden de sus nombres.
La familia Thoreau tiene otros tres hijos además de Henry: Helen, que le lleva cinco años; John Jr., dos años mayor, y Sofía, tres años menor. En 1821, los Thoreau se trasladan a Boston, donde viven hasta 1823, cuando regresan a Concord. Más adelante, Thoreau recordará una visita que la familia hace al lago Walden desde Boston, cuando él tiene cuatro años.
A los dieciséis años, Thoreau ingresa a Harvard, el alma mater de su abuelo. El dinero para su educación proviene de lo que su padre gana como fabricante de lápices y de la contribución de los salarios docentes de sus hermanos mayores. Durante su estancia en la universidad, Thoreau estudia latín y griego, y toma clases de una gran variedad de asignaturas, como matemáticas, inglés, historia, filosofía y cuatro lenguas modernas. También aprovecha mucho la biblioteca de Harvard, de la que hace uso hasta graduarse en 1837.
Tras finalizar sus estudios, Thoreau acepta un trabajo como maestro de escuela en Concord, pero lo despiden a las dos semanas por negarse a azotar a sus alumnos. Aquel año, Thoreau empieza a escribir en el diario que utilizará el resto de su vida. También entabla amistad con Ralph Waldo Emerson y William Ellery Channing, y empieza a seguir la filosofía del trascendentalismo. Emerson le extiende una carta de recomendación cuando el joven Thoreau se traslada a Maine para obtener un puesto de profesor en un colegio privado.
Como no consigue trabajo en Maine, Thoreau regresa a Concord y abre una escuela con su hermano John. La Academia de Concord se diferencia de las otras en que no utiliza el castigo corporal y en el fomento del aprendizaje práctico mediante experimentos científicos y paseos por la naturaleza. La escuela atrae a muchos alumnos, pero a los tres años deja de funcionar. Cuando su hermano se enferma, Henry decide no continuar con el proyecto educativo por su cuenta. Por un tiempo trabaja realizando diferentes oficios en diversos lugares de Concord y colabora en el negocio familiar de fabricación de lápices.
Mientras conducen la escuela, Henry y John se enamoran de Ellen Seawall, la hermana mayor de un alumno de su escuela. Los dos llegan a proponerle matrimonio. Como su padre desaprobaba el trascendentalismo de Thoreau, Ellen rechaza la propuesta de Henry. Se traslada a Nueva York para ponerle fin al romance, y allí conoce a quien será su marido, Joseph Osgood. Sin embargo, Ellen conservará su amistad con la familia Thoreau durante toda su vida, enviando cartas a Sofía Thoreau y recibiendo a Henry como huésped en su casa.
En 1841, Thoreau vive por un tiempo en la casa de Emerson, trabajando como técnico de mantenimiento. Tiene un romance con Mary Russell, una joven que se aloja con los Emerson en el verano de 1840 y el de 1841. Henry le dedica a Mary un poema de amor, pero nunca le propone matrimonio. Ella se termina casando con Marston Watson, un amigo de Harvard de Thoreau.
En 1842, John, el hermano de Thoreau, se enferma de tétanos por una pequeña herida no tratada. Fallece en los brazos de Henry, quien desarrolla una enfermedad psicosomática, presentando algunos de los síntomas de tétanos durante varios meses. Al año siguiente, Thoreau realiza su mayor alejamiento de Concord al mudarse con la familia del hermano de Emerson a Staten Island, en calidad de tutor de sus hijos, con la esperanza de poder triunfar como escritor al hallarse más cerca de la industria editorial de Nueva York.
Al regresar a casa, en diciembre de 1843, Thoreau comienza a escribir un relato sobre un viaje en canoa que realizó con John en 1839. Ese escrito se convertirá en Una semana en los ríos Concord y Merrimack, un libro que combina poesía, contexto histórico y reflexiones filosóficas con la narrativa del viaje. Al darse cuenta de que necesita menos distracciones para concentrarse en su escritura, Thoreau decide simplificar su vida asentándose en una cabaña que construye a orillas del lago Walden, a una milla y media del centro de Concord.
El 4 de julio de 1845, un día antes del aniversario de la muerte de su hermano, Thoreau se muda a la cabaña que ha comenzado a construir en primavera. Permanece allí durante dos años, viajando ocasionalmente a Concord para abastecerse y cenar con su familia una vez a la semana. Recibe visitas de amigos y familiares en su cabaña, donde pasa casi todas las noches. En 1846, realiza el primero de tres viajes a Maine, que serán la base para una serie de ensayos titulada Los bosques de Maine.
Es mientras vive en Walden cuando Thoreau pasa una noche en la cárcel de Concord. Lleva entonces varios años sin pagar el impuesto de empadronamiento, en protesta por el uso de fondos públicos para financiar la guerra de Estados Unidos contra México y las leyes de esclavitud. Aunque el alguacil local se ofrece a pagar el impuesto por él, Thoreau se niega, por lo que termina pasando una noche en la cárcel. El impuesto es abonado esa misma noche, probablemente por su tía Maria, pero Thoreau recién es liberado a la mañana siguiente. En 1848, Thoreau pronuncia un discurso sobre esta experiencia en el Liceo de Concord, que luego se convertirá en el ensayo Resistencia al gobierno civil, publicado en 1849, más conocido como Desobediencia civil, uno de sus ensayos más famosos.
En 1847, Thoreau pasa el otoño en la casa de los Emerson, cuidando a la familia mientras Emerson se encuentra en Inglaterra. Después regresa a la casa de sus padres, donde vive por el resto de su vida. Aquel año, ante la curiosidad de los habitantes de Concord sobre los motivos de su residencia por dos años en el bosque, Thoreau da unas conferencias sobre su vida en Walden. Durante este tiempo, también completa los borradores preliminares de Walden y de Una semana en los ríos Concord y Merrimack. Este último se publica por James Munroe & Co. en 1848. Thoreau acuerda pagar por los ejemplares del libro que no se vendan. Los libros tienen pocas ventas y Thoreau termina perdiendo 275 dólares.
Entre 1847 y 1854, Thoreau revisa continuamente Walden. En 1854, Ticknor & Fields publica una edición de dos mil ejemplares de este libro. Las críticas son mayoritariamente positivas, y al año siguiente se venden 1700 ejemplares. Aunque Thoreau intenta organizar una gira de conferencias a nivel nacional, solo una ciudad muestra interés, por lo que decide limitar sus conferencias a la región de Concord.
Ese mismo año, Thoreau pronuncia un discurso sobre La esclavitud en Massachusetts. Si bien no pertenece a ninguna sociedad abolicionista, porque no comulga con las organizaciones de este tipo, Thoreau es un ferviente opositor a la esclavitud. Cinco años después, pronuncia un apasionado Alegato a favor del capitán John Brown, en el que defendía su levantamiento en Harper's Ferry, por el que Brown condenaba el apoyo a la esclavitud del gobierno estadounidense. Otro discurso de ese año se titula Los últimos días de John Brown. Ambos discursos demuestran que Thoreau ha pasado de la resistencia pacífica contra la esclavitud al apoyo de la rebelión armada como medio para acabar con aquella injusta institución.
Entre 1851 y 1855, Thoreau sufre ataques de tuberculosis, pero, a pesar de padecer los síntomas, continúa dando conferencias. Pasa el resto de su vida perfeccionando la escritura naturalista, detallada y científica. En 1858, se publican sus diarios sobre Maine en la Atlantic Monthly. El editor de la publicación, James Russell Lowell, con quien Thoreau tiene una relación conflictiva, suprime una frase de los ensayos por considerarla blasfema. En respuesta, Thoreau se niega a dirigirle la palabra durante el resto de su vida. Ticknor y Fields, los editores de Walden, compran la revista en 1859 y, en 1861, James Fields sugiere reimprimir 250 ejemplares de la obra. También acepta volver a publicar los ejemplares no vendidos de Una semana en los ríos Concord y Merrimack.
En 1861, la tuberculosis que padece Thoreau se agrava. El 12 de abril, Fields visita a Thoreau en Concord para hacerse de los ejemplares no vendidos de su libro. Un año después, el 6 de mayo de 1862, Thoreau fallece a los 44 años. Al mes se publican, finalmente, las reimpresiones de sus dos libros.
Los ensayos publicados sobre Thoreau tras su muerte, escritos por Lowell y Emerson, remarcan las cualidades ascéticas y espartanas de Thoreau, sin dar la importancia adecuada a sus aportes filosóficos. Por esta razón, Thoreau no es debidamente reconocido en el siglo XIX, siendo a menudo considerado un imitador de Emerson. Solo a partir de la década de 1890, gracias a la evaluación crítica de sus libros, Thoreau empieza a ser apreciado por sus méritos literarios. Desde el siglo XX en adelante, se lo considera uno de los escritores estadounidenses más importantes del siglo XIX.