La obra ha sido valorada positivamente por numerosos críticos y escritores, que la consideran una obra maestra. Para Mario Vargas Llosa, «el drama de Emma es el abismo entre ilusión y realidad, la distancia entre deseo y cumplimiento».[2]
Henry James escribió: «Madame Bovary tiene una perfección que no solo la marca, sino que la hace casi única: posee una seguridad inaccesible y excita y desafía todo juicio»[3]
Marcel Proust alabó la «pureza gramatical» del estilo de Flaubert, mientras que Vladimir Nabokov dijo que «estilísticamente es prosa haciendo lo que se supone que hace la poesía».[4] Similarmente, en el prefacio a su novela La broma, Milan Kundera escribió: «No fue hasta la obra de Flaubert que la prosa perdió el estigma de inferioridad estética. Con Madame Bovary, el arte de la novela ha sido considerado igual al arte de la poesía».[5] Giorgio de Chirico dijo que, en su opinión, «desde el punto de vista narrativo, el libro más perfecto es Madame Bovary de Flaubert».[6]
Por su parte, la Iglesia católica incluirá esta obra en su Índice de Libros Prohibidos a los pocos años de su publicación, en 1864.[7]