La mayor parte del libro oscila entre dos líneas de tiempo. En el hilo argumental de la narración en presente,[5][5] Spiegelman entrevista a su padre, Vladek, en Rego Park (Nueva York)[6] en 1978-1979.[7] La historia que Vladek cuenta se muestra como narración en pasado; comienza a mediados de la década de 1930[6] y continúa hasta el fin del Holocausto en 1945.[8]
En 1958,[7] en Rego Park, un joven Art Spiegelman se queja a su padre de que sus amigos se han ido sin él. Su padre responde en un inglés no estándar: "¿Amigos? ¿Tus amigos? Si los encerraran una semana en una sala sin comida... entonces verías lo que son ¡los amigos!"[9][nota 1]
Ya adulto, Art visita a su padre, de quien se ha distanciado.[10] Vladek se ha casado con una mujer llamada Mala después de que Anja, la madre de Art, se suicidara en 1968.[5][5]
Art quiere que Vladek rememore su experiencia del Holocausto.[10] Vladek le habla de su época en Częstochowa[11] y describe cómo llegó a casarse en 1937 con Anja, de familia adinerada, y cómo se mudó a Sosnowiec para abrir una fábrica. Vladek ruega a su hijo que no incluya esta parte de la historia en el libro, y Art acepta de mala gana.[12] Anja sufre una crisis nerviosa por depresión postparto[13] tras dar a luz a su primer hijo, Richieu,[nota 2] y la pareja acude a un sanatorio mental en Checoslovaquia —ocupada por los nazis— para que ella se recupere. Tras su regreso, las tensiones políticas y antisemitas van en aumento hasta que Vladek es reclutado justo antes de la invasión nazi. Vladek es capturado en el frente y forzado a trabajar como prisionero de guerra. Después de ser liberado, descubre que Sosnowiec ha sido anexionado a Alemania, por lo que es llevado al otro lado de la frontera en el protectorado polaco. Consigue pasar a hurtadillas por la frontera y se reúne con su familia.[15]
Durante una de las visitas de Art, se encuentra con que un amigo de Mala ha enviado a la pareja una de las revistas underground en donde Art había colaborado con la historieta Prisionero en el planeta Infierno.[16] A pesar de que Mala había intentado esconderla, Vladek la encuentra y la lee; en la historieta, el suicidio de la madre de Art tres meses después de su alta en el psiquiático lo traumatiza, y termina representándose a él mismo entre barrotes, diciendo: «¡Me mataste, mami! ¡¡¡Y me has dejado cargar con la culpa!!!»[5][5] A pesar de que le trae recuerdos dolorosos, Vladek admite que fue bueno exteriorizar el asunto de esa forma.[17]
Liquidación del gueto de Sosnowiec durante la Segunda Guerra Mundial. Deportaciones al campo de exterminio alemán Auschwitz, en 1943.En 1943, trasladan a los judíos del gueto de Sosnowiec a Srodula, un pueblo cercano, aunque les hacen marchar a diario a trabajar a Sosnowiec. La familia se divide, pues Vladek y Anja envían a Richieu a Zawiercie junto a su tía, con quien piensan que estará a salvo. Sin embargo, conforme aumentan las redadas y se envían más judíos a Auschwitz, la tía decide envenenar a sus hijos, a Richieu, y a sí misma, para escapar de la Gestapo. En Srodula, muchos judíos —incluyendo Vladek— construyen búnkeres para esconderse de los alemanes. El búnker de Vladek es descubierto y lo envían a un "gueto dentro del gueto", una zona separada por alambradas. La familia de Vladek y Anja se queda sin sus últimas pertenencias.[15] Srodula es vaciada de judíos, excepto por un grupo con quien Vladek se esconde en otro búnker. Cuando los alemanes marchan, el grupo se separa y abandonan el gueto.[18]
En Sosnowiec, Vladek y Anja se mueven de un escondite a otro, estableciendo contacto ocasional con otros judíos escondidos. Vladek sale de incógnito en busca de provisiones, haciéndose pasar por polaco no judío. Tras arreglar con contrabandistas su salida del país hacía Hungría, resulta ser un truco: la Gestapo los arresta en el tren y los lleva a Auschwitz, donde son separados hasta después de la guerra.[18]
Por otra parte, Art pregunta acerca de los diarios de Anja, ya que Vladek le había contado que contenían las experiencias de su madre durante el Holocausto. Son la única forma de saber qué le pasó tras su separación de Vladek en Auschwitz. Vladek le revela a Art que en ellos se decía: «Espero que mi hijo, cuando crezca, se interesa por esto», pero también admite que los quemó tras el suicidio de Anja. Art se enfurece, y llama a Vladek «asesino».[5][5]
La historia salta hasta 1986, después de que los seis primeros capítulos de Maus se publicaran en un solo volumen. Art se encuentra abrumado por la atención inesperada que recibe el libro[8] y admite estar «totalmente bloqueado». Art habla con su psiquiatra —Paul Pavel, de nacionalidad checa y también superviviente del Holocausto—[19] acerca del libro. Pavel sugiere que, ya que aquellos que perecieron en los campos no podrán contar sus historias, «quizás sea mejor no contar más historias». Art contesta con una cita de Samuel Beckett: «Cada palabra es una mancha innecesaria en el silencio y la nada», pero entonces cae en que «por otra parte, lo dijo».[20]
Vladek habla sobre sus dificultades en los campos, sobre la hambruna y el maltrato, sobre su capacidad para arreglárselas, sobre las distintas maneras de evitar la selektionen —el proceso de selección de prisioneros para más trabajos o para ejecutarlos—, etc.[21] Aunque es peligroso, Anja y Vladek logran intercambiarse mensajes ocasionalmente. Conforme avanza la guerra y el frente alemán es forzado a retroceder, los prisioneros son trasladados desde Auschwitz —en Polonia— a Gross-Rosen —dentro del Reich—, y luego a Dachau, donde las penurias no hacen más que aumentar y Vladek enferma de tifus.[5][5]
La guerra termina, los prisioneros de los campos resultan liberados, y Vladek y Anja se reúnen. El libro termina con Vladek volviéndose en su cama y diciéndole a Art: «Estoy cansado de hablar, Richieu, basta de historias de momento...»[5][5][nota 3] La imagen final muestra la tumba de Vladek y Anja;[22] Vladek murió en 1982, antes de que el libro se completara.[23]
