Se casó a los dieciséis años de edad con José Quiroga y Pérez Deza de cuyo matrimonio nacieron tres hijos: Jaime (1876-1936) fusilado durante la guerra civil, Blanca (1879-1970) y Carmen (1881-1935).[41] Se separaron en 1884 de manera amistosa, tras lo cual, él se retiró a vivir a sus propiedades gallegas y ella continuó con su actividad de escritora en Madrid y Galicia.[2] Él siguió con interés su carrera e incluso en alguna ocasión es el organizador de algún homenaje que ella recibe en Galicia. Cuando en 1912 murió, la escritora guardó luto riguroso durante un año.
Retratada por Joaquín Sorolla hacia 1913Posteriormente inició una relación amorosa con Benito Pérez Galdós, por entonces cercano también al naturalismo, con quien había mantenido previamente una relación literaria. La confirmación de esta relación que durará más de veinte años[42][43] y sus detalles, se revelaron a partir de 1970 tras la publicación de 32 cartas inéditas de Emilia a Galdós.[12] Según Bravo-Villafante es posible que la correspondencia con Galdós datase de 1881. De su correspondencia inédita se deduce que la amistad literaria derivó hacia una intimidad amorosa de larga duración no exenta de sobresaltos[12] a causa de sus relaciones esporádicas con jóvenes como Narcís Oller y Lázaro Galdiano.[44] Infidelidades que según estudios posteriores dolieron al escritor. La relación de don Benito con doña Emilia pasó por momentos delicados cuando ella se permitió una aventura con Lázaro Galdiano, «un error momentáneo de los sentidos, fruto de las circunstancias imprevistas», según lo calificó ella. Al escritor le dolió profundamente la infidelidad, que, debidamente disfrazada, quedó reflejada en dos novelas de él —La incógnita y Realidad— y en una de ella —Insolación—.[n. 2][45] La relación se caracteriza por una gran admiración mutua y la correspondencia revela una gran amistad y una gran intimidad literaria y amorosa.[2]
Pardo Bazán falleció en 1921, por una complicación de la diabetes que padecía,[6] en el número 27 de la madrileña calle de la Princesa donde llevaba viviendo desde 1917.[46] Está enterrada en Madrid en la basílica de la Concepción aunque ella había dado instrucciones de ser enterrada en las Torres de Meirás.[47]
