La primera diferencia notable que se encuentra entre las fuentes indígenas y las españolas ocurre con la Matanza de Cholula. Bernal Díaz del Castillo en su Historia Verdadera menciona al principio sobre Cholula que, “son grandes traidores, que allí metía Montezuma secretamente sus capitanías…”.[5] Poco después, una de las secciones de la obra tiene por título “Cómo tenían concertado matarnos en esta ciudad de Cholula”.[5] Esta interpretación varía bastante de lo que se dice en el Códice Florentino, el cual indica que el conflicto surgió de los intereses de los tlaxcaltecas. Además, la segunda carta de relación de Hernán Cortés retrata la matanza como una acción preventiva, variando así igualmente de lo que dice el Códice Florentino.[6]
Las diferencias se encuentran también de forma clara en cuanto a la matanza del Templo Mayor. Bernal Díaz del Castillo justifica la matanza como algo para prevenir un plan de asesinar a Pedro de Alvarado. El Códice Florentino la retrata como un ataque brutal y sin provocación. Bernardino de Sahagún escribe, “Al momento todos [los españoles] acuchillan, alancean a la gente y les dan tajos, con las espadas los hieren. A algunos les acometieron por detrás; inmediatamente cayeron por tierra dispersas sus entrañas. A otros les desgarraron la cabeza: les rebanaron la cabeza, enteramente hecha trizas quedó su cabeza.”[3]
La dicotomía entre los dos puntos de vista es bastante evidente a través de la comparación entre las relaciones de Cortés y Bernal Díaz del Castillo con fuentes indígenas, específicamente el Códice Florentino.