La obra consta de dos historias diferentes, pero relacionadas entre sí. La narrativa avanza y retrocede entre las historias, alternando capítulos para contar cada historia.
Los capítulos impares cuentan la historia de Kafka Tamura, nombre inspirado en Franz Kafka, un joven de 15 años que abandona la casa de su padre, un famoso escultor convencido de que su hijo habría de repetir el mismo infeliz destino de Edipo, y de la sensación de vacío que le producen la ausencia de su madre y hermana. Luego de una serie de peripecias, durante las que conoce a Sakura, una joven peluquera, encontrará refugio, gracias a Oshima (el bibliotecario) y a la misteriosa y solitaria señorita Saeki, en la tranquila biblioteca privada de Takamatsu. Pasa sus días tranquilo leyendo Las mil y una noches además de la colección de las obras de Natsume Sōseki, hasta que un día la policía empieza a investigarlo por su extraña conexión con un macabro asesinato.
Los capítulos pares hablan sobre la trágica vida de Satoru Nakata, un anciano discapacitado desde la Segunda Guerra Mundial por un extraño accidente en una excursión escolar por el bosque. Se dedica a buscar gatos perdidos en su barrio. El caso particular de una gatita hace que emprenda una búsqueda que lo llevará lejos de su casa, más exactamente, a las rutas de Japón. En su camino se encuentra con un camionero que acepta acercarlo a su destino, Hoshino, pero que termina encariñándose con Nakata.
Los destinos de ambos, Kafka Tamura y Nakata, seguirán un curso de colisión inminente, pero en un plano metafísico más que real.
A lo largo de la novela se ven los cambios de los personajes.
