Harry Potter crece en la casa de sus tíos, los Dursley, quienes le ocultan su verdadera historia familiar; al cumplir Harry once años de edad, empiezan a llegarle cartas de remitente desconocido, que van aumentando en número a medida que sus tíos no dejan que las abra. Las mismas traen la noticia de que el niño ha sido admitido en el Colegio Hogwarts de Magia y Hechicería, ya que, al igual que sus padres, es mago.
El Colegio Hogwarts es el principal escenario donde suceden los hechos de la serie de novelas.Se descubre entonces que los Potter no murieron en un accidente de coche como se le había dicho a Harry, sino que habían sido asesinados en la noche de Halloween por un hechicero tenebroso conocido como lord Voldemort, quien había aterrorizado a la comunidad mágica británica años atrás. Sin embargo, algo ocurrió esa noche: Voldemort consiguió matar al matrimonio Potter pero no pudo asesinar al bebé, perdió su cuerpo y le dejó al niño una cicatriz permanente en forma de rayo en su frente.
Rubeus Hagrid aparece para llevarse a Harry una noche, cuando los Dursley intentan impedir que parta rumbo al colegio. Más tarde, el hombre ayuda a Harry a comprar sus materiales escolares en el callejón Diagon y allí este descubre que es famoso entre los magos por haber sobrevivido al intento de homicidio. Posteriormente, el muchacho toma el tren que lo lleva a Hogwarts y allí conoce a Ron Weasley, un chico pelirrojo hijo de magos, y a Hermione Granger, una jovencita de origen muggle con altas aspiraciones académicas. Los tres se hacen amigos y más tarde, durante su año escolar, se ven envueltos en una serie de episodios relacionados con un objeto escondido en las profundidades del edificio: la piedra filosofal, un artefacto con el poder de transmutar los metales en oro y producir el elixir de la vida eterna. Diferentes hechos les hacen suponer que uno de sus profesores, Severus Snape, desea conseguir la piedra para entregársela a Voldemort, con quien el docente estaría confabulado.
Tras confirmar que el espíritu de aquel brujo tenebroso ronda el castillo y que la piedra se encuentra en peligro, Harry, Ron y Hermione alertan a los profesores, pero estos desestiman esa posibilidad, ya que el objeto se halla protegido por diversas trampas en una cámara subterránea en el colegio. Los tres niños solos, entonces, atraviesan la puerta trampa custodiada por un perro de tres cabezas y se ven sometidos a diferentes pruebas hasta llegar a la recámara donde se encuentra la piedra. Harry descubre que el profesor Quirinus Quirrell era quien intentaba robarla desde el principio, puesto que Voldemort —que permanecía como parásito en la nuca del profesor— se lo había ordenado. Harry consigue la piedra y Quirrel intenta asesinarlo, pero no logra sobrevivir al contacto con el muchacho y muere cuando Voldemort abandona su cuerpo.[nota 1]
Después de una charla reveladora con el director del instituto, Albus Dumbledore, Harry se reencuentra con sus amigos y parte de regreso a la casa de sus tíos, ya que el año lectivo ha concluido.
