La Iglesia católica, a través de la Inquisición, incluyó este libro entre los prohibidos. El Índice de libros prohibidos fue instituido por el papa Paulo IV Carafa en el año 1559. El Decamerón apareció en el Índice bajo la letra B, aludiendo a sus «errores intolerables».
En el año 1573 la Inquisición encargó a expertos florentinos, los Deputati, la tarea de revisar el texto florentino. No se sabe seguro quiénes fueron los censores, ni su número, si fueron tres o cuatro. Entre los miembros del grupo destacaría Vincenzo Borghini, reconocido como el verdadero promotor de la censura del Decamerón.
El 2 de mayo de 1572 volvió a Florencia la copia oficial autorizada por los inquisidores de Roma para poder imprimirse, pero solo el 17 de agosto de 1573 fue impreso el texto. Al año siguiente, el texto de la obra reducida fue acompañado por unos comentarios, Le Annotazioni di discorsi sopra alcuni luoghi del Decameron, con consideraciones lingüísticas y filológicas que buscaban justificar los cambios. El Decamerón de los Deputati se encontró poco después prohibido por la misma Inquisición y solo tuvo una edición.
El Decamerón conoció en 1582 otra edición a cargo de Leonardo Salviati. Parece que fue el mismo Salviati quien, a través de su protector Jacopo Buoncompagni, empujó a la curia romana a pedir una nueva censura del Decamerón.
En realidad el Decamerón de Salviati, más que una verdadera y propia edición fundada en los resultados de las investigaciones originales, parece una corrección de la edición precedente. Mientras que los Deputati de Borghini se limitaron a cortar, Salviati modificó, o dicho con más precisión, que mientras los primeros intervinieron en el texto, el segundo censuró también la lectura, recurriendo a glosas marginales para desarrollar abiertamente una función de mediación entre el texto y el lector, para dar una interpretación unívoca.
