Nació en la casa llamada de las Pavas, propiedad de su tío Francisco Góngora, racionero de la catedral, situada en el lugar que hoy ocupa el número 10 de la calle, y en el que actualmente está el Hotel Casa de La Judería, aunque siguen existiendo dudas sobre eso. Era hijo del juez de bienes confiscados por el Santo Oficio de Córdoba, don Francisco de Argote, y la dama de la nobleza Leonor de Góngora. Estudió en la Universidad de Salamanca, donde llamó la atención como poeta. Tomó órdenes menores en 1575 y fue canónigo beneficiado de la catedral cordobesa, donde fue amonestado ante el obispo Pacheco por acudir pocas veces al coro y por charlar en él, así como por acudir a diversiones profanas y componer versos satíricos. Desde 1589, viajó en diversas comisiones de su cabildo por Navarra, Andalucía (Granada y Jaén), por León (Salamanca, León) y por Castilla (Madrid, Cuenca o Toledo). Compuso numerosos sonetos, romances y letrillas satíricas y líricas, y músicos como Diego Gómez, Gabriel Díaz y Claudio de la Sablonara se interesaron en musicalizar estos poemas.[2]
Durante una estancia en la Corte de Valladolid en 1603 se enemistó con Quevedo, a quien acusó de imitar su poesía satírica bajo pseudónimo, sea esto cierto o no. Sí parece que Quevedo escribió contra el mal gusto de las sátiras que el ingenio cordobés exhibía entonces contra la suciedad del río Esgueva que atravesaba la ciudad, habilitada como Corte y, por tanto, muy superpoblada. En 1609 regresó a Córdoba y empezó a intensificar la fuerza estética y el barroquismo de sus versos. Entre 1610 y 1611 escribió la Oda a la toma de Larache y en 1613 el Polifemo, un poema en octavas que parafrasea un pasaje mitológico de Las metamorfosis de Ovidio, tema que ya había sido tratado por su coterráneo Luis Carrillo y Sotomayor en su Fábula de Acis y Galatea; el mismo año divulgó en la Corte su poema más ambicioso, las incompletas Soledades. Este poema desató una gran polémica a causa de su oscuridad y afectación, y le creó una gran legión de seguidores, los llamados poetas culteranos (Salvador Jacinto Polo de Medina, fray Hortensio Félix Paravicino, Francisco de Trillo y Figueroa, Gabriel Bocángel, el conde de Villamediana, sor Juana Inés de la Cruz, Pedro Soto de Rojas, Miguel Colodrero de Villalobos, Anastasio Pantaleón de Ribera...), así como enemigos entre conceptistas como Francisco de Quevedo y clasicistas como Lope de Vega, Lupercio Leonardo de Argensola y Bartolomé Leonardo de Argensola.[3]
Algunos de estos, sin embargo, llegaron con el tiempo a militar entre sus defensores, como Juan de Jáuregui. El caso es que su figura se revistió de aún mayor prestigio, hasta el punto de que Felipe III le nombró capellán real en 1617. Para desempeñar tal cargo, se trasladó a Madrid y vivió en la Corte hasta 1626, arruinándose para conseguir cargos y prebendas a casi todos sus familiares. Al año siguiente, en 1627, perdida la memoria por una grave enfermedad, marchó a Córdoba, donde murió de una apoplejía en medio de una extrema pobreza. Velázquez lo retrató en 1622 con frente amplia y despejada, y por los pleitos, los documentos y las sátiras de su gran enemigo, Francisco de Quevedo, se sabe que era jovial, sociable, hablador y amante del lujo y de entretenimientos como los naipes y la tauromaquia, hasta el punto de que se le llegó a reprochar frecuentemente lo poco que dignificaba los hábitos eclesiásticos. En la época fue tenido por maestro de la sátira, aunque no llegó a los extremos expresionistas de Quevedo ni a las negrísimas tintas de Juan de Tassis y Peralta, segundo conde de Villamediana, que fue amigo suyo y uno de sus mejores discípulos poéticos; siendo este tan difícil de contentar, le dedicó un gran elogio llamándolo rara avis in terra.[2]
En sus poesías se solían distinguir dos períodos. En el tradicional hace uso de los metros cortos y temas ligeros. Para ello usaba décimas, romances, letrillas, etc. Este período duró hasta 1610, en que cambió para volverse culterano, haciendo uso de metáforas difíciles, muchas alusiones mitológicas, cultismos, hipérbatos, etc., pero Dámaso Alonso demostró que estas dificultades estaban ya presentes en su primera época y que la segunda es una intensificación de estos recursos realizada por motivos estéticos.[4]
Sus restos se encuentran en la Mezquita-catedral de Córdoba.
