Bécquer publicó las leyendas en formato folletín o novela por entregas, en un margen de seis años, de 1858 a 1864, en varios periódicos madrileños de la época, como El Contemporáneo, en el que ejerció como redactor, o la Crónica de Ambos Mundos y La América. Ese tipo de difusión condicionó en gran manera la temática y el momento de publicación de cada una. El Monte de las Ánimas se publicó poco antes del día de Todos los Santos, Maese Pérez, el organista, en Navidad, y El miserere, en Semana Santa. Además, la publicación de algunos de ellos en varias entregas, como Rayo de Luna, hizo que su estructura variara un poco para mantener la intriga durante todo el relato.
Tras su muerte, sus amigos las publicaron junto con sus Rimas. La obra se editó en dos volúmenes con el título de Obras, en 1871, para ayudar a la viuda y sus hijos económicamente. En sucesivas ediciones se iría ampliando la selección, que a partir de la quinta la obra ya constará de tres volúmenes.
