Las penas del joven Werther fue el primer gran triunfo de Goethe, que lo transformó de un desconocido a un autor célebre prácticamente de la noche a la mañana. Napoleón Bonaparte consideró esta novela como uno de los trabajos más importantes en Europa. Esta novela le inspiró de joven a escribir un monólogo al estilo de Goethe, y de adulto, llevó siempre consigo una copia del Werther en sus campañas.
La novela dio origen a un fenómeno llamado Werther-Fieber (Fiebre de Werther). Los hombres jóvenes en Europa vestían la ropa que Werther usaba en la novela. También tuvo consecuencias en los primeros ejemplos conocidos de suicidio mímico, provocando al parecer el suicidio de unos cuarenta lectores,[cita requerida] fenómeno que pasó a ser conocido en la psicología como el efecto Werther.
La fiebre de Werther causó preocupación a las autoridades y otros autores. Un autor, Friedrich Nicolai, decidió escribir un final alternativo para la novela, que resultaría más agradable, llamada Die Freuden des jungen Werther (Las alegrías del joven Werther), según el cual Albert, reconociendo las intenciones de Werther, llena las pistolas de sangre de pollo, evitando el suicidio de Werther y cediéndole gustosamente a Lotte. Goethe encontró esta versión desagradable y empezó una enemistad literaria con Nicolai de por vida. Goethe escribió un poema titulado Nicolai auf Werthers Grabe, en el cual Nicolai defeca en el sepulcro de Werther, execrando su memoria. Esta enemistad continuó con la colección de poemas Xenien, que Goethe escribiría más tarde.
«En Goethe —escribió Rodolfo Modern— encontramos al intérprete de su época, al clásico anheloso de la medida helénica y al romántico pletórico de sentimiento y ansias de infinito, la impaciencia juvenil y la experiencia fecunda de los años, el amor al mundo de las cosas y el cultivo de toda la gama emocional, la compenetración con la naturaleza y el ejercicio de la cortesanía más exquisita, la afirmación de una cultura superior y el reconocimiento de un mundo demoníaco, la capacidad de ser uno mismo y la adaptación a la circunstancia, el goce de los sentidos y del intelecto puro, la mirada comprensiva hacia el pasado y la predicción de un futuro hecho presente, la meditación gustosa y su transmutación en obra, la aptitud del hombre de ciencia y la actitud más desnudamente lírica, la presencia de lo particular y la vivencia de lo universal. ¿Cómo es posible apresarlo en una definición?».
El filósofo alemán Theodor Adorno y el crítico de literatura Gyorgy Lukács coincidieron en mostrar de qué manera el concepto central (¿cómo reducir el concepto de genio, a una acepción única?) de los románticos reúne en sí un momento positivo y otro negativo, y de qué manera un polo y otro se tensan, complementan y niegan. Por un lado, la noción de genio conduce a una cierta fetichización de la obra de arte, a su idealización; por el otro, da cuenta de las particularidades que nutren al arte moderno como esfera social autónoma y el quehacer especializado del artista. Es lógico, entonces, que en muchos de los grandes artistas modernos, como es el caso de Goethe, tal concepción produzca a la vez atracción y rechazo, placer y temor.
En la obra Frankenstein o el moderno Prometeo, de la autora británica Mary Shelley, el protagonista, la Criatura de Frankenstein, aparece leyendo Las penas del joven Werther mientras se encuentra en su cobertizo.
Jules Massenet compuso la ópera Werther, basada en la novela de Goethe.
Pilar Miró adaptó libremente el clásico de Goethe en su película de 1986 Werther, protagonizada por Eusebio Poncela como Werther.
