El análisis crítico de la obra de Hernández se encuentra ligado a su carácter inclasificable. Sus cuentos no poseen la rigurosa economía de Horacio Quiroga, no pretenden la cerebral perfección de Jorge Luis Borges, ni anticipan los relatos de Juan Carlos Onetti. Cortázar en Historia de cronopios y de famas y en Rayuela, será el único en recoger, al menos en parte, el legado de Hernández.[4]
Para Onetti, quien lo admiraba, su libro más importante fue el autobiográfico Por los tiempos de Clemente Colling (1942), más que otros posteriores y famosos, en los que aparecía como más "ingenuo".[11]
Para Julio Cortázar, es rechazable la mera etiqueta de 'fantástica' para su obra: "nadie como él para disolverla en un increíble enriquecimiento de la realidad total que no sólo contiene lo verificable sino que lo apuntala en el lomo del misterio".[12] Ha sido considerado un maestro tanto por éste como por Gabriel García Márquez.[13]
La extraña ficción de sus cuentos hace brotar un universo totalmente personal y que no puede ser comparado totalmente con los cuentos más urbanos, más intelectualizados, de Cortázar. Italo Calvino, quien prologó la versión italiana de Nadie encendía las lámparas (Nessuno accendeva le lampade, Giulio Einaudi Editore, Turín, 1974), lo definió como "un escritor que no se parece a nadie: a ninguno de los europeos y a ninguno de los latinoamericanos, es un 'francotirador' que desafía toda clasificación y todo marco, pero se presenta como inconfundible al abrir sus páginas".[14]
Aunque su trabajo de escritor eclipsó su carrera de pianista, su obra entera está impregnada de música, tanto en los temas evocados (un profesor de piano, un recital, un bandoneón), como en la forma de contar, al sugerir emociones con palabras de cierta sonoridad, transformando el sentido de las palabras en función de los sonidos, al construir partes de su relato como variaciones de un mismo tema musical. Sin embargo, desde el punto de vista de la prosa "podría pensarse de una límpida musicalidad, sería un juicio erróneo. Felisberto Hernández fuerza las construcciones gramaticales de un modo tan anómalo como personal para que comuniquen lo que él pretende transmitir". Esto hizo que relevantes críticos literarios como Emir Rodríguez Monegal lo criticasen muy duramente por la incorrección de su prosa.
